光绪三十二年(1906年)春，士诒因办理外交得力，奉旨以五品京堂候补，在外务部丞参上行走，并记名丞参。10月，清廷增设邮传部，统辖航、路、邮、电各业，并接管商务及督办大臣所管之铁路，派士诒接管铁路。翌年1月，助绍仪督办京汉、沪宁、道清、正太、汴洛等五铁路事宜。4月，邮传部设置五路提调处，士诒任提调，主管五铁路，开始大力经营我国近现代交通事业。首先设立交通银行，以期解决此前办铁路须向外国银行借款，分储汇划造成损失的弊端。并改提调处为邮传部铁路总局，专管各路借款与行政，士诒任总局局长兼交通银行帮理。而后开始发行公债，赎回京汉铁路路权。宣统二年（1910年）2月，士诒对铁路总局进行改组，随即考察黄河桥工，查勘广九铁路全线。在其经营铁路四年多的时间内，境内铁路在五路基础上又增加京奉、广九二线，后又再筑津浦、吉长、株萍三路，使线路扩展十条。其间，对外更改合同以收回主权，对内则扩展线路清理积弊，对我国早期铁路事业的发展，作出了积极的贡献。至此，以梁士诒为灵魂的交通派系新政官员集团已基本定型。

2．民国新贵　帝制元凶 

宣统三年（1911年）初，唐绍仪被解职。与士诒已结宿怨的盛宣怀出任邮传大臣。他排斥异己，奏请撤消梁士诒铁路总局局长和交通银行帮理职务。当年10月，武昌事起，清廷风雨飘摇，不得已起用三年前被罢黜的袁世凯出山组阁，士诒时来运转，被起用为邮传部副大臣、大臣。在世凯一石二鸟，近逼清廷逊位，远迫孙文辞职的过程中，士诒参与其间，用心颇力。袁世凯于1912年3月1日在北京就任临时大总统，士诒因“主持内外，厥功甚巨”被任命为总统府秘书长。从此成为新朝枢密，掌管内政、外交中枢大权，承上启下，联系内外，坊间有“二总统”之目。5月，又兼任交通银行总理。8月下旬，孙中山进京与袁世凯会晤，前后计13次，探讨中外大事，国计民生，士诒不离左右，三人于实业救国方面，理念相合，言语甚恰。9月，袁世凯任孙中山为铁路督办，全权策划全国铁路建设；而士诒则以交通系首领、全国铁路协会会长身份，全力支持孙中山的铁路建设计划。