光绪八年，云南报销案起，王文韶以枢臣掌户部，台谏争上其受赇状，上方意任隆密，乃援乾隆朝梁诗正还家侍父事，请令引嫌乞养，不报；又两疏劾之，遂罢文韶，而擢佩纶署左副都御史，晋侍讲学士。明年，法越构衅，佩纶章十数上，朝廷始遣兵征土寇、缀敌势，法人不便其所为，佯议和，而阴使人攻陷南定。佩纶请乘法兵未集，敕粤督遣水师护越都，而枢臣狃和局，虑佩纶梗议，令往陕西按事。已而法果袭顺化，胁越与盟，越事益坏。使归，命在总理各国事务衙门行走。

十年，法人声内犯，佩纶谓越难未已，黑旗犹存，万无分兵东来理，请毋罢戍启戎心，上韪之。诏就李鸿章议，遂决战，令以三品卿衔会办福建海疆事。佩纶至船厂，环十一艘自卫，各管带白非计，斥之。法舰集，战书至，众闻警，谒佩纶亟请备，仍叱出。比见法舰升火，始大怖，遣学生魏瀚往乞缓，未至而砲声作，所部五营溃，其三营歼焉。佩纶遁鼓山麓，乡人拒之，曰：“我会办大臣也！”拒如初。翼日，逃至彭田乡，犹饰词入告，朝旨发帑犒之，命兼船政。嗣闻马尾败，止夺卿衔，下吏议。闽人愤甚，於是编修潘炳年、给事中万培因等先后上其罪状。时已坐荐唐尚、徐延旭褫职，至是再论戍。

居边释还，鸿章再延入幕，以女妻之。甲什战事起，御史端良劾其干预公事，命遂回籍。庚子议和，鸿章荐其谙交涉，诏以编佐办和约。既成，擢四品京堂，称疾不出。三十四年，卒。

《清史稿·论》曰：（黄）体芳、宝廷、佩纶与张之洞，时称翰林四谏，有大政事，必具疏论是非，与同时好言事者，又号“清流党”。