“我们是暗物质。”隶属于特战司令部的一名海豹突击队员这样形容自己的部队，“我们就是这种力量：看不见，却统治着宇宙。”

失败是成功之母，特战司令部的成立来源于一次失败的突击行动。1980年，美军突击队试图从美国驻伊朗大使馆内救出53名美国人质，但这次行动以直升机相撞、8名突击队员丧生而失败。后来总结教训，认为一个原因是美国陆军、海军、空军和海军陆战队不能在特别行动中进行有效合作。1987年，美国国防部把包括海豹突击队和三角洲部队在内的所有特种部队合并到一个部门，即美军联合特种作战司令部。

成立之初，特战司令部的编制约为1800人。在“9·11事件”发生后，美国准备发动阿富汗战争，中情局特工先于军方进入，进而刺痛时任美国国防部长唐纳德·拉姆斯菲尔德的神经。拉姆斯菲尔德随即扩充特战司令部。多年来，特战司令部的编制会根据任务性质而变化，最多达2.5万人。

特战司令部的核心部队包括陆军三角洲特种部队、海军海豹突击队第6分队、空军第24特种战术群、陆军第160特种行动航空营和第75突击营。

特战司令部直接听命于总统或国防部长，有权自主选定猎杀目标，而且多于中情局的追杀名单。一些人士认为，这类猎杀任务等同于暗杀，违反美国法律。

小布什任总统期间，特战司令部在执行任务前很少向国会通报；任务完成后，国会通常也一无所知。政府方面的律师们称，特战司令部执行的任务属于“传统军事行动”，无需事先告知国会。现任总统奥巴马持相同观点，但要求特战司令部就敏感任务向少数国会议员介绍情况。 

2003年，时任国防部长拉姆斯菲尔德签署命令，授权特战司令部在伊拉克和阿富汗打击“基地”组织时可以先斩后奏；在阿尔及利亚、伊朗、马来西亚、马里、尼日利亚、巴基斯坦、菲律宾、索马里和叙利亚执行致人于死命的任务时，需要得到上级批准或相关国家政府默许。 

特战司令部在执行追杀和情报搜集任务中，有自己的情报部队、无人驾驶飞机和侦察机、专用卫星和网络战人员。

“我们能做一些中情局做不到的事，因为他们规模不够或没有授权。”一名特战司令部人员说。 

“9·11”以来，中情局打死数十名恐怖组织头目和数以千计普通武装人员。然而，更多这类人死于特战司令部部队之手。2001年12月，特战司令部部队在阿富汗托拉博拉山地追剿拉登及其随从。经过两夜交火，拉登逃走，但大量“基地”武装人员毙命，尸体需用卡车运出战场。

“9·11”以来，中情局抓获并关押在全球多处秘密监狱的恐怖嫌疑人有近百名，而特战司令部是前者的10倍。另外，如果抓不到嫌疑人，特战司令部人员甚至会拘禁嫌疑人的母亲、妻子或孩子。

虐囚事件也使得特战司令部声名狼藉。2004年，一次为期4个月的调查发现，在特战司令部位于伊拉克的多处监狱中，被关押者遭受到虐待：审讯人员持续大音量播放音乐，使被关押者无法睡觉；一些人被拘押在狭小的空间内，无法站立或躺下；一些人遭脱光衣服、浇冷水，继而在开着冷气的房间或寒冷的室外接受讯问……最终，34名特战司令部人员受到惩处。 

据美联社统计，到2011年，阿富汗境内的美军特种部队人数已达1万人，成为美国特种部队有史以来最大规模的海外驻地。