或许，最引人注目的是居鲁士的宗教宽容政策，据说他很乐意祭拜各种寺庙，参加不同的宗教活动，礼拜他征服地区人民信奉的神。从一定程度上来说，在古代，统治者们更容易接受人民崇拜各种不同的神灵。与犹太教和基督教不同，古代近东地区的宗教具有融合性。人们认为世界上存在着很多神，每一个神守护自己的城市，城市的居民和生活的方方面面。但是，这种融合性的世界观并不一定意味着一个人必须尊重或者包容其他人的宗教信仰。相反，很多实施征服的古代帝王都喜欢证明自己信奉的神更加高尚，并通过压制或破坏对手信奉的偶像巩固自己宗教的势力。
　　
　　例如，就在亚述帝国（AssyrianEmpire）灭亡前不久，亚述国王亚述巴尼伯（Ashurbanipal）征服了埃兰国（Elam）。他摧毁了整个王国，夷平了主要城市，亵渎了神庙，拆除了供奉的偶像。他还命令自己的军队破坏了埃兰王室的皇家墓地，因为，按照亚述巴尼伯的说法，这些人不信奉他的神，即阿叔尔神（Ashur）和伊师塔神（Ishtar）。亚述国王们同样摧毁了耶路撒冷（Jerusalem）和底比斯（Thebes）的城市，很多地方荒芜一片，没有人烟和动物。
　　
　　巴比伦（Babylonia）国王纳布尼德斯（Nabunidus）也因为狭隘的宗教思想后来被居鲁士征服。他阻止人们对影响广泛的马杜克神（Marduk）的祭祀，强迫人们信奉他自己信奉的月亮神希恩（Sin）。如果我们相信现在收藏在大英博物馆（BritishMuseum）中的居鲁士圆柱上记载的文字，纳布尼德斯确实对自己的人民非常残忍，强迫人民信奉他们不信仰的神灵。相对而言，居鲁士采取的是另外一种策略。
　　
　　在率领自己的大军进入巴比伦后，居鲁士祭拜了马杜克神，以笼络当地居民。他说，受当地人信仰神灵的指派和保佑，他前来解放巴比伦。居鲁士圆柱上记载了他自己的话：
　　
　　当我在盛大的仪式中进入巴比伦以后，在人们的欢呼和喜悦之中，我住进了王宫。伟大的马杜克神将巴比伦高贵的人民交给了我来统治，我也每天对他礼拜。
　　
　　我不允许任何人以恐怖手段统治苏美尔（Sumer）和阿卡德（Akkad）的任何地方。我努力维护巴比伦和马杜克神保佑的其他神圣城镇的和平。对于巴比伦的居民……我取消了强迫奴役……从尼尼微城（Nineveh）、亚述（Assur）和苏萨（Susa）、阿卡德、埃什努纳（Eshnunna）、扎木班（Zamban）和德尔（Der），到古提姆地区（Gutium），我重新恢复了底格里斯河彼岸的这些神圣城镇，以及毁坏了很久的圣殿。
　　
　　虽然这些记载从一定程度上存在着自我炫耀的成分，但是我们仍然可以看到居鲁士非常希望得到自己子民的拥戴。