正是有如此这般的理性认识，蔡元培才会在“兼容并包”的旗帜下保护和支持陈独秀、胡适掀起的新文化运动。今人夸大了新文化运动的势力，以为“兼容并包”是新派对旧派的宽容；其实当初旧派是主流，新派恰为反对派，“兼容并包”是从旧派那里去争取新派生存与发展空间。陈独秀与蔡元培的性格颇不一致，陈独秀人如“霹雳火”，圭角毕露；文如拼命三郎，锋芒逼人。而蔡元培却是“极高明而道中庸”，连疾言厉色也不见。参阅郑勇：《蔡元培影象》第92页，济南：山东画报出版社2001年5月版。但并不妨碍蔡元培盛赞：“近代学者人格之美，莫如陈独秀”；见刘太希：《苏曼殊与陈独秀》，《太希诗文丛稿》第55页。也不妨碍陈独秀视蔡元培为“我们”之中的一员：

自戊戌政变以来，蔡先生自己常常倾向于新的进步的运动，然而他在任北大校长时，对于守旧的陈汉章、黄侃，甚至主张清帝复辟的辜鸿铭，参与洪宪运动的刘师培，都因为他们学问可为人师而和胡适、钱玄同、陈独秀容纳在一校；这样容纳异己的雅量，尊重学术思想自由的卓见，在习于专制好同恶异的东方人中实所罕有。陈独秀：《蔡孑民先生逝世后感言》。

胡适性格与蔡元培的温文儒雅相近，而年龄相差两属，是两代人，理当有代沟。但并不妨碍蔡元培对胡适称赞备至，视为精灵；也不妨碍胡适引蔡元培为知己：

当我在北京大学出任教授的时候，北大校长是那位了不起的蔡元培先生。蔡校长是位翰林出身的宿儒。但是他在德国也学过一段时期的哲学，所以也是位受过新时代训练的学者，是位极能接受新意见新思想的现代人物。他是一位伟大的领袖，对新文学发生兴趣，并以他本人的声望来加以维持。胡适：《口述自传》，《胡适自传》第247页，南京：江苏文艺出版社1995年9月版。

新文化运动的反对派从来就是将蔡元培与陈独秀、胡适捆在一起炮轰的。林纾在小说《妖梦》中拟胡适为“秦二世”，状陈独秀为“猫头鹰”，骂蔡元培为“元绪”--即大乌龟。周作人说：“这元绪公尤其是刻意的骂人话。”其实蔡、陈、胡三人都曾玩过白话小说（蔡1904年写《新年梦》、陈独秀1904年写《黑天国》、胡适1906年写《真如岛》）,他们却没有“以暴易暴”地以小说与林纾对骂。当自称“拼我残年，极力卫道”的林纾于1919年3月18日在《公言报》上发表致蔡元培的公开信（《致蔡鹤卿太史书》），蔡元培当天即致函《公言报》（《致〈公言报〉函并附答林琴南君函》），公开回击林纾的挑衅。智慧的蔡元培没有用你说我是“痞子”我即说“痞子运动好得很”之类逻辑来回答林纾，而以事实为依据，用“中庸”的逻辑驳斥了林纾对北大“覆孔、孟，铲伦常”“尽废古书，行用土语为文字”的两项指责，并理直气壮地为北大的新派教员辩护：

胡(适)君家世汉学，其旧作古文，虽不多见，然即其所作《中国哲学史大纲》言之，其了解古书之眼光，不让于清代乾嘉学者。钱(玄同)所作之文字学讲义，学术文通论，皆大雅之文言。周(作人)所译之《域外小说》，则文笔之古奥，非浅学者所能解。然则公何宽于《水浒》、《红楼》之作者，而苛于同时之胡、钱、周诸君耶?

在逐一辩驳了林纾的种种指责以后，蔡元培接着从正面阐明自己主持北京大学的“两种主张”：

(一)对于学说，仿世界各大学通例，循“思想自由”原则，取兼容并包主义……无论为何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰之运命，虽彼此相反，而悉听其自由发展。

(二)对于教员，以学诣为主。在校讲课，以无背于第一种之主张为界限。其在校外之言动，悉听自由，本校从不过问，亦不能代负责任。例如复辟主义，民国所排斥也，本校教员中，有拖长辫而持复辟论者，以其所授为英国文学，与政治无涉，则听之。筹安会之发起人，清议所指为罪人也，本校教员中有其人，以其所授古代文学，与政治无涉，则听之。……夫人才至为难得，苟求全责备，则学校殆难成立。且公私之间，自有界限。

蔡元培“思想自由、兼容并包”的办学方针，原是在北大校内演讲上发布，在《北京大学月刊》、《北京大学日刊》上发表，传播有限。这次蔡元培则趁机公之于全社会，令其广为传播。这封信与其说是致林琴南的，还不如说是致全社会的公开信。有人说更是给总统徐世昌看的，因为总统未必了解北大的办学方针，也要对他启蒙。

与林纾的公开论战，恰见证了陈独秀所云，蔡元培“有关大节的事”，“倔强的坚持”以及蒋梦麟所云他“白刃可蹈的中庸”，尽管他“态度还很温和”。正是这种温和的倔强，使蔡元培成为新文化运动中不可多得的“大护法”：惟其温和，则较陈独秀回避了许多攻击的锋芒；惟其倔强，则如陈独秀一样坚持原则不让步。

蔡元培主张学术研究自由，可是并不主张假借学术的名义，作任何违背真理的宣传；不但不主张，而是反对。有如马克思的思想，他以为在大学里是可以研究的，可是研究的目的决不是为共产党作宣传，而是为学生解惑去蛊，因为有好奇心而无辨别力，是青年迷惑的根源。不过在“五四”时代，北京大学并未开过马克思主义研究的课程。经学教授中有新帝制派的刘师培先生，为一代大师，而刘教的是三礼、《尚书》和训诂，绝未讲过一句帝制。英文教授中有名震中外的辜鸿铭先生，是老复辟派，他教的是英诗（他把英诗分为“外国大雅”、“外国小雅”、“外国国风”、“洋离骚”等，“我在教室里想笑而不敢笑，却是十分欣赏，也从来不曾讲过一声复辟。”罗家伦：《伟大与崇高--谨以此文纪念先师蔡孑民先生百年诞辰》，台湾《传记文学》第10卷第1期。--这是罗家伦的话。通过这番解说，我们就能更深刻地了解到蔡元培“兼容并包”中有着坚挺的原则底线，而决非此亦是非、彼亦是非的和稀泥，这才保证北大健康的发展方向。