胡适在美国受民主思想的良好训练，回国加入《新青年》“圈子”，他仍坚定不移地维护学术自由讨论原则。他认为：

舆论家的手段，全在用明白的文学，充足的理由，诚恳的精神，要使那些反对我们的人不能不取消他们的“天经地义”，来信仰我们的“天经地义”，所以本报将来的政策，主张尽管趋于极端，议论定须平心静气。一切有理由的反对，本报一定欢迎，决不致“不容人以讨论”。胡适：《读〈新青年〉》，《新青年》第5卷第1号（1918年7月15日）。

然而陈独秀的回答很“悍”--

改良文学之声，已起于国中，赞成反对者居其半。鄙意容纳异议，自由讨论，固为学术发达之原则；独至改良中国文学，当以白话为文学正宗之说，其是非甚明，必不容反对者有讨论之余地，必以吾辈所主张者为绝对之是，而不容他人之匡正也。

与胡适相比，陈独秀更坚定更老辣地捍卫着新文化运动的基本方向。他言下之意什么都可以自由讨论，“独至改良中国文学，当以白话为文学正宗之说，其是非甚明，必不容反对者有讨论之余地”。一个“独”、一个“当”、一个“必”，足见陈独秀在原则上决不让步。“其故何哉”?陈独秀在上书中坚定地回答说：

盖以吾国文化，倘已至文言一致地步，则以国语为文，达意状物，岂非天经地义，尚有何种疑义必待讨论乎?其必欲摈弃国语文学，而悍然以古文为文学正宗者，犹之清初历家排斥西法，乾嘉畴人非难地球绕日之说；吾辈实无余闲与之作此无谓之讨论也。陈独秀：《答胡适书》，《胡适学术文集·新文学运动》第31页。

后来胡适也被陈独秀“悍化”了。他曾说：“天下古今多少社会革新家大概多有头脑简单的特性；头脑太细密的人，顾前顾后，顾此顾彼，决不配作革命家。”“胡适自己常说他的历史癖太深，故不配作革命的事。文学革命的进行，最重要的急先锋是他的朋友陈独秀。”“陈独秀的特别性质是他的一往直前的定力”，“当日若没有陈独秀必不容反对者有讨论之余地的精神，文学革命的运动决不能引起那样大的注意。反对即是注意的表示。”胡适：《五十年来中国之文学》，《胡适学术文集·新文学运动》第151-152页。

其实，五四时代是先秦之后又一个千载难逢的百家争鸣时代，各种主义纷纷登台表演与争锋。《新青年》同人无疑是一批雄辩之士，好辩之士，但并无话语霸权，他们往往是以越位半步的话语来争得自由讨论的机会与权利。实践证明，慷慨激昂往往是弱者的作派与表现。虽然陈独秀在新文化运动的基本方向上不容反对者讨论，而实际上办不到，有关争论始终未停息过。如即使有人提出文学不必革命，孔教不必排斥。“倘能持之有效，言之成理，记者当虚心欢迎之，决不效孔门专横口气，动以‘非圣者无法’五字，假君权以行教权，排异议而杜思想之自由。”陈独秀：《答佩剑青年》，《陈独秀著作选》第1卷第282页。再如“张厚载因为旧戏问题，和《新青年》反对，这事尽可以从容辩论，不必藉传播谣言来中作异己。”陈独秀：《关于北京大学的谣言》，《每周评论》第13号（1919年3月16日）。即使对白话文写作，陈独秀虽在大声疾呼，也不急于求成，容有个过渡时期。他在《答曾毅》信中说：“鄙意今日之通俗文学，亦不必急切限以今语。惟今后语求近于文，文求近于语，使日赴‘文言一致’之途，较为妥适易行。”陈独秀：《答曾毅》，《新青年》第3卷第2号（1917年4月1日）。在《答方孝岳》信中则说：“愚意白话文之推行，有三要件：首当有比较的统一之国语；其次则须创造国语文典；再其次国之闻人多以国语著书立说。兹事匪易，本未可一蹴而几［就］者。”陈独秀：《答方孝岳》，《新青年》第3卷第2号。

《新青年》同人从来不是一个“党同伐异”的圈子，他们“同党”内从来没停止过争论。胡适还没有归国，钱玄同就与他隔海打起了笔墨官司，几经回合，都见诸《新青年》，以致请陈独秀出来仲裁。钱玄同与刘半农也常拌嘴，刘半农有道：“我们两个宝贝是一见面就要抬杠的，真是有生之年，即抬杠之日。”陈独秀与胡适的论辩从相识到生命的终结，几乎从未停息，他们相克相生，时谐时庄。陈独秀说话有时不免偏激，令儒雅的胡适难堪，徒呼：“你真是一个卤莽的人！”“但是我究竟不深怪你，因为你是一个心直口快的好朋友。”他们共同的朋友汪孟邹有时也不免出来解围：“仲翁对于吾哥确是十分爱惜”，“但他说话偏激，哥素知其详，望勿介意，为幸为幸。”参见中国社科院《胡适档案》。陈独秀多经牢狱之灾，胡适每次尽力营救之。陈独秀、胡适同样也与蔡元培有分歧有争议。他们交往之道，有个令人神往的原则：既不以私交而损害真理，也不以真理而妨碍私交。

而胡适与蔡元培的“红学之争”更是中国近代学术史上的一则佳话。

1917年出版的《石头记索隐》是蔡元培的得意之作，也是旧红学索隐派的代表作之一。蔡元培在“索隐”中提出《红楼梦》的主旨是“吊明之亡，揭清之失”，研究方法是从“品性相类者”、“轶事有征者”、“姓名相关者”去推求。

胡适1921年发表的《红楼梦考证》，观点正好与蔡元培《石头记索隐》相反，胡适认为《红楼梦》“是曹雪芹的自叙传”，描写的是曹家（贾家）“坐吃山空”、“树倒猢狲散”的自然趋势，对《红楼梦》的研究的正途是“考证”，而不应当是过去种种的“索隐”。

胡适以一篇《红楼梦考证》，创建了一个“新红学”派，颠覆了一个“旧红学”派，其功绩不可谓不伟大。而他颠覆的恰是以蔡元培为主要代表的“索隐派”。胡适曾严厉地批评了蔡元培《石头记索隐》的方法论失误。他在《红楼梦考证》劈头就说：

《红楼梦》的考证是不容易做的，一来因为材料太少，二来因为向来研究这部书的人都走错了道路。他们怎样走错了道路呢？他们不去搜求那些可以考定《红楼梦》的著者、时代、版本等等的材料，却去收罗许多不相干的零碎史事来附会《红楼梦》里的情节。他们并不会做《红楼梦》的考证，其实只做了许多《红楼梦》的附会！

这里似乎还客气，没有点蔡先生的名，只作为一种文化现象来敲打。随着他考证的深入，笔锋一转就直指蔡元培了。胡适把蔡的《石头记索隐》作为“政治小说”说的代表作来分析。他说蔡先生这部书的方法是：“每举一人，必先举他的事实，然后引《红楼梦》中情节来配合。……我总觉得蔡先生这么多的心力都是白白的浪费了，因为我总觉得他这部书到底还只是一种很牵强的附会。”

胡适甚至称“索隐派”红学，是“谜学”，是“笨谜”，是“大笨伯”，出语不逊。他宣称要以自己的《红楼梦考证》，“引起大家研究”《红楼梦》的兴趣，能把将来的《红楼梦》研究引上正当的轨道去：打破从前种种穿凿附会的‘红学’，创造科学方法的《红楼梦》研究！”胡适：《红楼梦考证》（改定稿），《胡适红楼梦研究论述全编》第75、81、118页，上海古籍出版社1988年8月版。