从此之后，苏区中央局自觉或不自觉执行王明路线的多数领导同志，与毛泽东同志的思想相左，并发生对抗。为此，苏区中央局于十月上旬召开了史家所称的“宁都会议”。用与会人的话说：“开展了中央局从未有过的反倾向的斗争”。自然，这斗争的矛头是对准毛泽东同志的。并提出要把毛泽东召回后方，专负中央政府工作的责任，而由周恩来负战争领导的总责。

对此，周恩来十分清楚：这等于解除毛泽东的军事指挥权。他在战争的实践中，逐步认识到毛泽东的军事指挥才干，加之红军的基本队伍，是由毛泽东和朱德同志从井冈山一步一步带出来的，故不赞成这种意见。他强调指出：“泽东积年的经验多偏于作战，他的兴趣亦在主持战争”，“如在前方则可吸引他供献不少意见，对战争有帮助”。因此，他坚持：“一种是由我负主持战争的全责，泽东仍留前方助理；另一种是泽东负指挥战争全责，我负监督行动方针的执行。”事后追论：在当时的情况下，周恩来的这两点建议是可行的，对革命也是有利的。

但是，苏区中央局多数领导同志坚持要剥夺毛泽东同志的军事指挥权，加之毛泽东绝不屈服的性格使然，周恩来的建议落空了。最后，毛泽东被批准暂时请病假回后方。结果，那些坚持剥夺毛泽东指挥权的同志必然对周恩来不满，他们致电在上海的临时中央，批评周在会上“不给泽东错误以明确的批评，反而有些地方替他解释掩护”，认为周“在斗争上是调和的，是模糊了已经展开了的斗争战线”。

批评毛泽东的同志是错误的，责备周恩来的同志仍然敬服周的为人和才干。虽经多次所谓磋商，到十月二十八日，上海临时中央下达命令：以周恩来兼任红一方面军总政委。

这样一来，毛泽东的指挥权就被剥夺了。虽说在周恩来和朱德等同志的领导下，胜利地粉碎了敌人的第四次“围剿”，但随着上海临时中央局迁入中央苏区，周恩来的指挥权也渐渐地被博古、李德等人剥夺了，使得中央苏区第五次反“围剿”陷入了绝境，不得不作出战略转移的决定。

说到红军举行战略转移——长征，就在周恩来的心中激起很大的波澜，使他不能不想起近一年来发生的令人痛心的战略失误……

第四次反“围剿”正在胜利进行的时候，原在上海的临时中央政治局处境日益恶化，并于一九三三年一月十七日作出决定迁往中央苏区。临时中央负责人博古等一到中央苏区，立刻把中央苏区的党、政、军大权抓到自己的手里，为推行其“左”倾路线，借批判所谓的“罗明路线”，无情地打击了一大批坚持执行毛泽东同志正确路线的干部。自然，毛泽东同志的处境也就可想而知了。对此，周恩来同志是很痛苦的。接着，迁到中央苏区的临时中央与苏区中央局合并，以博古负总责，周恩来的苏区中央局书记的名义也就不存在了。年仅二十六岁、且从未打过仗的博古同志等下车伊始，就批评负责军事指挥的周恩来和朱德同志，强行“要求将一方面军主力分成两个部分作战”，这就是所谓的“两个拳头打人”。从此，周恩来的许多有益的建议被否决。

是年九月，蒋介石发动所谓“三分军事、七分政治”的第五次“围剿”。恰在这时，共产国际派来的李德被博古聘为军事顾问由上海来到中央苏区。不懂军事的博古遂把红军的指挥大权交给了这位不会说中国话，更不懂中国国情的李德。从此，“李德的独断专行取代了军委的集体领导”，“由李德一人躲在房子里凭着地图指挥作战”。加之“当时中央的错误领导，和李德本人的专横作风，使他成了一个地道的‘太上皇’”。结果，使第五次反“围剿”从一开始，就陷于不利的作战态势。接着，博古等人又错误地处理“福建事变”，使得粉碎第五次“围剿”失掉了最好的机会。同时，使得红军陷入更大的被动中！翌年一月中旬，中共中央在瑞金召开六届五中全会，博古等人不顾周恩来的反对，在指责毛泽东为“富农路线”的同时，坚持以张闻天代替毛泽东担任人民委员会主席。为了搬掉最后一个不同意见者，又于二月三日任命周恩来为中革军委副主席，实际上他们又剥夺了周对前线部队的指挥权，只让周担负一些技术性的组织工作。大权在握的博古、李德命令红军处处设防，节节抵抗，推行“以碉堡对碉堡”和“短促突击”，实行消极防御的方针，使得红军所进行的许多战役、战斗都遭到了失败。也就是在这种背景下，李德首次对博古说：