一方拒绝跨党，主张合并，一方坚持不放弃自身独立性，国共两党关于组织合作的谈判至此走入了死胡同。1938年底1939年初，国共两党在政治及军事方面的摩擦明显增多。特别是在尚未解决疆界问题的陕甘宁边区和国共双方政治军事正处于势均力敌之际的河北敌后地区，国民党人必欲实现自己的统治，而共产党人则竭力反其道而行之，加上蒋为阻止共产党的军队和地盘进一步扩张，不仅下令不许部队跨越战区，而且示意河北省主席鹿钟麟逼迫八路军退出河北归还第二战区，国共两党之间的矛盾和冲突自然愈演愈烈，越发不可调和。对此，中共中央虽于12月底又派八路军副总指挥彭德怀前往重庆面见蒋介石请求根本解决华北指挥关系等问题，并指示周恩来向蒋介石说明“各地反共捉人之事，要他解决”，但蒋介石显然不以为然。他反而一再催问延安方面对于他所提出的合并两党为一大党的主张有何意见。他扬言：“根本问题不解决，不仅敌人造谣，下级也常不安定，影响上级意志。”言外之意，合并问题不解决，摩擦就无从避免，他将无能为力。