不久蔡元培因不满袁世凯政权而辞职，然后教育部内开始清理“蔡党”，不断捕人。同僚们都纷纷学古人的样，或嫖或赌，或古玩或书画，公开表现自己沉湎于某一种嗜好，来逃避“袁党”猜疑的目光。蔡锷将军，更是躲在名妓小凤仙的房中，才保下一条命。鲁迅由蔡元培引荐入部，自在被疑之列，他在苦闷之余，潜心抄写古碑、研究拓本、整理古籍、阅读佛书。

另一件令鲁迅阴郁的事情是，在日本时期，由于母亲的安排，鲁迅娶了没有感情基础的朱安为妻。到北京后，母亲多次来信劝他把朱接到北京同住，他没有回应。思想上的苦闷和感情上的痛苦，使他看起来根本不像一个三十多岁的青年，埋头古碑之间，更像一个世故老人。

但从汉唐的碑帖、魏晋文章以及佛教经典中，鲁迅却汲取了大量精神养分，使他的“个体精神”扩张到了最高的境界，成为真正的个人主义者，为中国人创造了一种既非西方也非古人的新的精神框架。这种精神框架外表看具有存在主义倾向和虚无主义色彩，但在鲁迅的深层意识中，他默默的信念（即生活中总能找到一些积极与美好的东西）却从未动摇过。这足以说明他“取今复古，别立新宗”的文化理想。这八个字来自他的《文化偏至论》：

此所为明哲之士，必洞达世界之大势，权衡较量，去其偏颇，得其神明，施之国中，翕合无间。外之既不后于世界之思潮，内之仍弗失固有之血脉，取今复古，别立新宗，人生意义，致之深邃，则国人之自觉至，个性张，沙聚之邦，由是转为人国。人国既建，乃始雄厉无前，屹然独见于天下，更何有于肤浅凡庸之事物哉？

鲁迅在绍兴会馆抄古碑的时期，正是他思想成熟的时期，因此，当钱玄同代表《新青年》杂志向他约稿的时候，他能厚积薄发，以《狂人日记》、《孔乙己》、《药》、《故乡》等闻名文艺界，后又在其他杂志发表《阿Q正传》、《社戏》、《祝福》、《伤逝》、《故事新编》等，成为新文化运动的主将。

也正因鲁迅的思想在五四运动之前就已经成熟，因此能在新文化运动退潮之后，依然一个人坚定地走在“荒漠”中，以“匕首”（古人曰“寸铁”）式的杂文（后汇编成集的有《坟》、《热风》、《华盖集》、《而已集》、《且介亭杂文》等），与各方论敌战斗不已。也正因如此，当他对曾经寄望创造中国“第三样的时代”的青年失望以后，依然能够孤独地与虚无主义作斗争，直至死亡。