在发生叶恒澍案后、向朝廷上奏前，阮元以鸦片贸易不能彻底禁绝，责任在于公行商人不遵守禁令为由，弹劾了当时的十三行总商伍敦元，并奏请摘去伍敦元的三品顶戴。由于阮元在上报程序上，先奏请处理伍敦元，后上报叶恒澍案情，从而使得这两件有关联的事件，变成了两不相干的事情。

行商成了禁烟不严的替罪羊。阮元弹劾行商首领伍敦元的理由，是行商代表政府直接与外国商人打交道，所以“洋商与夷人最为切近，夷船私带鸦片，即能瞒臣等之耳目，断不能瞒该商等之耳目”。

结果，伍敦元的三品顶戴被摘去。政府重申禁止鸦片，凡外船有运入鸦片者，人货罚没。

对于叶恒澍案引发出严厉的查禁鸦片行动，马地臣后来写道：“这个卑鄙的阿西（近来在澳门的主要烟贩），已经被判发配到冰天雪地的地方，但是他仍关押在此地的监牢。他似乎曾向北京控告，暴露官吏的爱财和贪污，并拿出他几年来向他们行贿的账簿作为证明……盼望北京派遣一位钦差来审判这个案件。”这次以弹劾伍敦元为序幕展开的查禁鸦片行动，在广州禁烟和鸦片贸易史上影响深远。1821年11月12日，以伍敦元为首的公行商人，向外国方面发出通告：停泊在黄埔的鸦片走私船只即刻退出，否则将报告官府；以后只有出具不装载鸦片的甘结才对该船担保，允许进行交易。

公行商人同时还告发了停泊在黄埔的四艘装有鸦片的英国船“墨罗佩号”（Melope）、“胡兰号”（Hooghly）、“尤吉尼亚号”（Eugenia），以及美国船“艾米利号”（Emily）。其中，前三艘船都与马地臣有关。

四艘船缓缓开出黄埔，退到了伶仃洋上。从1821年起，以黄埔为中心的鸦片走私活动走向没落，鸦片贸易进入一个新的时期――伶仃洋时代。