为要打破当前严重的局势，策划对敌的策略，一六三五年（崇祯八年）农民军在荥阳开了个大会。李自成首先提出团结内部齐心御敌的意见，经过讨论，决定先由闯王高迎祥号令调遣布置，把军队分为四路。第一路是贺一龙、贺锦自成一军，南御四川湖广的官军，后来发展为久据潜山、太湖英霍诸山，左金王、革里眼的五营。又一路是由马进忠横天王率领，抵挡陕西的官军。第三路命罗汝才、惠登相屯守荥阳、汜水一带，抵挡开封归德的明军。第四路由高迎祥和张献忠亲自领导，李自成仍属于高迎祥的部下。突破了包围大败官军，高迎祥率领大军东下直抵安徽凤阳，烧毁明朝的陵墓，并在占领一个地方后，就把所有的财物和食粮，分散给贫苦的老百姓，得到了淮北一带人民的拥护和同情。高迎祥和李自成率领军队由凤阳又回到归德（河南商丘县）；而农民军另一支军队由张献忠领导由凤阳南下庐州（安徽合肥）。从这时起，农民军的主力队伍就分为两路：一路发展而为后来李自成所领导北伐的大顺军；一路便是张献忠所领导，由皖中进入四川的大西军；这就是明末农民起义军的两支主要力量。

新兴的农民军，骤然分散了军力，就给官军以有利的机会。明廷派洪承畴督理陕西军务；又派卢象升、左良玉等出兵河南，进攻湖北，由包围改变为夹击的战术。崇祯八九年间，高迎祥率领农民军由汉中出陈仓（陕西、南郑县），入子午谷（陕西长安县南）中了陕西巡抚孙傅庭等在盩厔东南的黑水峪设下的埋伏，农民军战败，迎祥被俘，壮烈地牺牲了。这时农民军的将领们共同推戴李自成为闯王。自成重新整理队伍，由陕西到甘肃的秦州（天水县），通过七盘关（四川广元县北），从江油（四川江油县）直攻成都，不幸又中了敌人的埋伏，实力遭到损失。自成与刘宗敏、田见秀等一十八骑逃奔到商雒山中。同时张献忠由安徽庐州到达了湖北的谷城，遭受官军熊文灿部的攻击，为了保存实力，不得不和官军暂时停战言和。农民军两大主力都遭到损耗，农民起义运动一时走向低潮，所以崇祯十一二年间，农民起义运动表面上仿佛暂告平息。明朝统治者就以为"迎祥被擒，余党自易平定"。李文治：《晚明民变》引常自裕奏疏。同时好些时候听不见李自成的消息，传说自成已经死掉了，更觉得农民运动已告平定。