第一个重要修正是关于政府权力基础的原则。我们知道，洛克理论最重要的一点是政府之存在、生存及其权力都是基于被治理者之同意（Consent of the Governed）。为说明这种同意如何发生作用，他创立了他的契约说。根据洛氏的契约说，人民互相订约，各自出让部分天赋权利，将其授给"主权者"（The Sovereign）（亦即"政府"），然后人民又与"主权者"订约。依据此约，"主权者"必须保护人民未出让的天赋权利，并协助其享用这些权利，但人民必须在"主权者"不违约的情况下服从之。这契约说中所指之约定，为双重的，故凯特林称其为"双重契约"（double contract）。杰斐逊原则上接受洛克理论，认为政府之一切权力必须来自被治理者的同意，但他不承认任何统治者不论其权力来源如何，应站在人民之上，因此他不接受洛克之双重契约说，认为这一说法，多少把"主权者"（"政府"）放在人民上面了。

杰斐逊对洛克的第二个重要修正是关于天赋人权的内涵。洛克理论另一重要原则是人人都有若干不可出让的天赋人权，政府之目的即在保护这些人权。杰斐逊对这原则是无条件接受的。他与洛克不同的，是对这些天赋人权之内涵的看法。根据洛克，天赋人权包括生命、自由与财产权。杰斐逊在《独立宣言》中，提到了生命与自由，但省略了财产权，而易之以"追求幸福"（the pursuit of happiness）之权利。这一改动，有人认为是因那时美洲殖民地许多人民并无财产，杰斐逊基于现实的考虑，必须不提财产，而易之以意义较笼统的"追求幸福"之权利。这一说法并不正确。一个较合理的解释是财产权与其他较基本（可能较重要）的民权，如自由，有时不能并行不悖，一个人无限追求财产往往会妨碍别人充分享受基本民权。杰斐逊并不反对个人拥有财产，但作为一个崇尚节约讲求务实的农业民主者（agrarian democrat），他显然感到没有必要强调这一城市中产阶级特别重视的权利。

杰斐逊对洛克理论的第三点修正是强调"革命"的合法性。洛克在其《政府二论》中，曾提到假如"主权者"违约，人民有权不服从甚或更换之。许多人据此认为洛克承认人民在必要时有"革命"的权利。这解释是对的。但我们必须知道洛克不愿以坦率的语调讨论人民革命的权利和革命合法性之类棘手的问题，他只是隐隐约约地提及，让读者去作必要的推论。杰斐逊则明白地指出当政府一再不顾民意，滥施权力时，人民不仅有权利，而且有义务把它推翻。杰氏此一论调，并不是《独立宣言》上的宣传浮辞，而是他终生一贯的信念。他甚至主张任何政府都必须在一定的时间内变更，唯有如此才能永远代表真正的民意。杰氏说："每一代均要有能为其所用之政府……没有任何一代有权利束缚其后代。"他并主张每19年政府要彻底变更成员。杰氏这种"激烈"的主张使若干保守者大起恐慌，英国的林德（John Lind）甚至说他把利斧放在每一政府之树的枝干上。但是大体说来，杰斐逊并不是一个激进分子，与他同时代的潘恩（Thomas Paine）、亨利等比较，他的政见相当温和。

杰斐逊的《独立宣言》，以短短数百字把洛克的理论：自然法原则、天赋人权、契约说等凝缩成美国宪政的基本理论基础，是了不起的成就。但这不是他对于美国宪政思想唯一的贡献，另一项是他对美利坚合众国宪法的解释。