康熙二年（1663年）二月，康熙生母去世。从此，康熙由祖母博尔济吉特氏（孝庄文皇后）抚育。

康熙和孝庄的祖孙感情很深，对孝庄言听计从。孝庄在康熙早期就深深介入了政治。在现在的影视剧中，孝庄是一位热门人物。在一些后人的笔下和眼中，孝庄似乎成了清政府前期垂帘听政式的操纵者，一直处在权力和政治旋涡的中心。实际上，这是对孝庄的误解，也是对康熙早期历史的误解。

孝庄嫁给皇太极的时候才13岁，是蒙古科尔沁博尔济吉特氏向满族人谋求政治利益的筹码之一。在皇太极驾崩前，孝庄的活动很少。虽然她谥号孝庄文皇后，事实上她从未做过皇后，福临被立之前她是皇太极五位正妃中的最末一个。直到当上太后，她才有了接触政治的机会。而顺治康熙两帝在位期间，她更多的是辅佐而非主政。

孝庄与顺治母子之间，也有一定的矛盾与隔阂。在教育儿子方面，至少在顺治婚姻问题上，孝庄并不是一个成功者。1661年，顺治在郁郁寡欢中感染天花而病逝。孝庄在极度悲痛中，又把心思精力全部转移到新的皇位继承人玄烨身上。孝庄对玄烨的要求非常严格，玄烨出痘痊愈后，孝庄就让他“入书房读书”，还让皇孙与随从“站班当差”，同大臣一起参加各种跪拜礼仪。

玄烨即位后，孝庄的活动骤然增多。《清史稿》中关于孝庄文皇后最多的笔墨，也是用在叙述她在康熙一朝的作为上。顺治去世之后，在孝庄的主持下，宣布先帝遗诏，由年仅8岁的玄烨即位。孝庄在玄烨即位后，并没有直接以太皇太后的身份干预朝政，她表现得像一个极其具有耐心的祖母，以血肉之情关照康熙。玄烨日后回忆：“朕自幼龄学步能言时，奉圣祖母慈训，凡饮食、动履、言语，皆有矩度。虽平居独处，亦教以不敢越轨，少不然即加督过，赖是以克有成。”《清圣祖御制文二集》。可见，孝庄对玄烨的饮食起居，言行举止，都悉心照料，而且十分严格，完全按照帝王的标准训练这个爱孙。为使玄烨自幼就接受满族文化教育，她指使自己信赖的侍女苏麻喇姑，既照料玄烨的生活，又教他说、写满语、满文。同时又让其入书房，请名师为其讲读儒家的四书五经，且“必使字字成诵，从不敢自欺”，使其具有中国传统文化的深厚根基。在学习满汉文化的同时，孝庄也给康熙灌输“祖宗骑射开基，武备不可驰”的思想，让侍卫教练玄烨的骑射本领，如同读书写字一样，日有课程，终使玄烨弓马娴熟，箭不虚发，为日后亲政治国奠定了扎实的基础。

《清史稿》记载说：太后不干预朝政，朝廷每有大政，康熙“多告而后行”，委婉地说出了孝庄在康熙朝前期举足轻重的作用。后人在正史中找不出孝庄直接干政的记载，孝庄对康熙早期朝政的影响是间接的，多给予指导性的建议，而不是命令。

感情是双向的，康熙对这位老祖母也充满了深深的眷恋之情。康熙8岁丧父，10岁丧母，因此对抚养教导自己的祖母有特殊的依恋。康熙晚年曾深情回忆说：“忆自弱龄，早失怙恃，趋承祖母膝下三十余年，鞠养教诲，以致有成。设无祖母太皇太后，断不能有今日成立。”康熙对祖母极好，康熙出行时，如果祖母不能同行，他时时不忘将自己的行踪向祖母报告。

一次，孝庄去五台山礼佛，康熙备下八人抬暖轿一乘。因考虑到轿夫行走山路不便，孝庄坚持乘车上山。康熙暗中令轿夫随车后行，由于山路颠簸，乘车实在不稳，孝庄面露难色。这时康熙命轿前行，来到祖母面前。孝庄大为感动，抚着孙儿的背赞叹说：“车轿细事，且道途之间，汝诚意无不恳到，实为大孝。”