康照二十一年（1682年）春，康熙以平定“三藩之乱”，率众东巡盛京祭告祖陵，同时巡边设防，加强东北地区的军事防御。当车驾行至吉林乌拉时，康熙与官兵一起捕鱼，收获颇丰。康熙马上想到了远在京城的祖母，他当即命令将亲捕之鱼浸在羊脂中，差人快马加鞭送到紫禁城，他说，只为祖母看到鱼时能嫣然一笑，可见祖孙感情之深。

康熙二十六年（1687年），孝庄因年事已高而病倒。康熙见祖母病重，心急如焚。他衣不解带，睡不安榻，昼夜守在祖母身边达一个多月之久。所有的药品及食物他都亲加调理，送至祖母唇边。祖母安睡时，他也不肯离去，隔着幔帐静候，席地而坐，一听到皇太后的声息，立即上到榻前，凡是祖母所需，亲手奉上。在孝庄病重的一个多月里，康熙一刻都不离开祖母的病榻。而孝庄疼爱孙儿，常劝其回宫内休息，但康熙都不肯离开。见祖母的病情越来越重，康熙每日至佛堂祷告，后来他竟不顾严冬，步行到天坛为祖母祈祷，在佛前许愿，如果能让祖母身体康复，情愿用自己的寿命换祖母的阳寿。其情其景，催人泪下。

康熙的祷告终于没能换来奇迹的出现。康熙二十六年（1687年）十二月二十五日，孝庄皇太后寿终正寝，享年75岁。康熙皇帝悲痛欲绝，泣不成声，在祖母梓宫前长跪不起，身体大坏，直至晕厥。

宫中惯例，死人是不能停在宫中过年的。孝庄死在年前，应该赶紧出殡。但康熙破了例，坚持不能草草出殡办丧事。孝庄的丧事一直筹备到来年的二月才隆重操办。

孝庄生前遗言，不愿离子孙太远。康熙就将孝庄太后安葬于今河北遵化马兰峪的清东陵旁的昭西陵，也就是顺治的身边。