莫利急于知道自己在新政府中的角色。尽管与罗斯福关系亲密，他却仍然无法获知确切的消息。1月下旬，莫利向塔格威尔倾诉了他的失意。“我建议莫利不要在目前模棱两可的角色上走太远，”塔格威尔在日记中写道，“他做了很多事情，肩负很多责任，却没有实权。很显然，富兰克林·德兰诺·罗斯福并未公平地对待他--或我，就此而言，他要求我们做了许多，却从未确认我们的角色。”

2月初，在沃姆斯普林斯，莫利直接向罗斯福提出了他的疑问。罗斯福回答说，他希望莫利与他一起去华盛顿。“我想我不必告诉你，”他说，“我发现跟你共事比跟其他任何人都轻松。”很明显莫利将担任总统行政助理一职，这样一来，他将成为罗斯福最亲密的日常顾问。但是挡在这个合理任命前面的，还有罗斯福行为古怪的长期顾问路易斯·豪。塔格威尔说他是“一个矮个子男人”，似乎“随时可能被风吹走”。罗斯福在政治生涯里所踏出的每一步都有路易斯·豪在一旁指导，正如塞缪尔·罗斯曼所说，协助罗斯福“即使不是他人生的唯一使命，至少也是主要的使命”。而罗斯福对路易斯·豪也非常的忠诚，他任命路易斯·豪在新政府担任总统秘书一职，这样他就可以在白宫内一间隐秘的办公室工作，从而使自己--就像罗斯福说的--显得“神秘莫测”。路易斯·豪也搬进了白宫，直到1936年去世。

此外，罗斯福还任命了两名助理秘书，一位是来自弗吉尼亚的斯蒂芬·厄尔利，44岁的厄尔利曾是一名通讯记者，现在负责罗斯福政府媒体的相关事宜。另一位是来自肯塔基州的单身汉--55岁的马文·麦金太尔，此人和蔼可亲，将负责总统的日程安排。疑心过重的路易斯·豪对接近罗斯福的任何人都抱有病态的嫉妒心理。“他如同锁链般守护着罗斯福”，弗朗西丝·珀金斯回忆说。路易斯·豪固执地坚持不让莫利在白宫工作，罗斯福只有顺从他的老朋友。

这就导致了一个问题，究竟要怎样安置莫利？罗斯福说他翻遍了“国会议员名录”，终于发现助理国务卿一职非常适合莫利。由于这个职位没有法定义务，这样一来，就能保证莫利有充分的自由扮演罗斯福高级助手的角色。还有，助理国务卿的办公地点在白宫西侧街对面的国家战争与海军大楼里，这个距离在满足了路易斯·豪的同时，又能保证莫利可以随时往来于罗斯福的办公室。

罗斯福承认助理国务卿“在名义上是国务卿的下属”，但他强调，如果莫利担任这个职位，他将不会承担国务院的任何重大责任。莫利对罗斯福说，接受这个职务等于是自找麻烦。他担心该职务的描述过于含糊，如果一名助理与总统见面的频率比其他内阁成员还高的话，其他人会心生妒恨。莫利开玩笑说罗斯福可以把他派到菲律宾去，但罗斯福回答说，“不，那样的话我们就相隔八千里远了。我需要你在我身边。”