但命运却又一次捉弄了他，他又等待了两年，桑结嘉措却始终毫无动静，仓央嘉措不由陷入了无尽的孤寂与沉闷中。他的心中一定认为，桑结嘉措一定是对他不满，从而抛弃了他。

这是真的吗？事实真的有如仓央嘉措所想吗？

事实是，桑结嘉措此时早已顾不得这位小活佛了，他与拉藏汗的较量已经进入了白热化的阶段。

接下来，是一场极其混乱的斗争。

在五世达赖在世期间，格鲁派请来了蒙古和硕特部的固始汗用武力铲除了企图灭掉格鲁派的喀尔喀部的却图汗、噶玛噶举派的藏巴汗和康区的白利土司。可是如今天下形势早已经变化。格鲁派必须改变依附和硕特部的局面，必须建立一个独立的西藏地方政权。不幸的是，桑结嘉措选择的方法却是五世达赖的老路，他请来了准噶尔部作为他的盟军。这是一步非常危险的棋。因为，桑结嘉措一心扶持的噶尔丹，是日后康熙最大的敌人。

另一方面，桑结嘉措又是五世达赖罗桑嘉措非常忠实的拥护者，他视他如兄，如父，如自己的人生理想。除了政治之外，桑结嘉措最大的心愿，就是培养出一个像五世达赖罗桑嘉措一样的六世达赖。但他的理想要落空了，仓央嘉措毕竟非常年轻，年轻得超出了桑结嘉措的想象，他根本无法承担这其中的政治风险，也没有这个政治手段。

桑结嘉措一心想要维持一个以达赖喇嘛为核心的格鲁派宗教集团政府，这个政府是独立的，没有外族的操纵，但却可以因为达赖喇嘛的宗教权威，使得外族势力对它形成一种保护关系。

然而，这样的政局却有一个致命的危险，就是，政局的核心，必须是一个处于绝对权威地位的达赖喇嘛，这个达赖喇嘛，不仅需要有特别高深的佛学修养，其政治素质，也必须高人一筹。然而，这样的人是非常罕见的，因此，桑结嘉措加紧了对仓央嘉措的培养。

但仓央嘉措却令他失望了，被桑结嘉措给予了厚望的仓央嘉措却越来越不爱读佛经。行为倦怠懒散，甚至，竟然还传来了他喜爱游乐的传闻。

桑结嘉措奔波处理各种内忧外患，实在不能亲自规劝仓央嘉措。于是他写信给仓央嘉措的师傅——五世班禅求助。五世班禅不久回信说要尽快给仓央嘉措受比丘戒。只要受了戒，精神就会振奋，身心自然会清净。而这也符合桑结嘉措的心意，他需要的是一个充满着宗教权威的达赖率领西藏取得独立。

就在桑结嘉措感到没有主意的时候，格鲁派强大的外援噶尔丹去世了。准噶尔的大权落在了噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦手中。桑结嘉措本想继续与准噶尔交好，让准噶尔做他们强大的外援。但是这位新的准噶尔大汗却多次上书给康熙皇帝，弹劾桑结嘉措。他知道，策妄阿拉布坦之所以这样做，是因为，他不仅不再愿意给西藏于支援，更是想要一举挺进西藏。

本就非常复杂的情况突然之间因为和硕特蒙古的头领达赖汗去世变得更加错综复杂。他的大儿子旺札勒继承了汗位。旺札勒与他的父亲一样，很少插手格鲁派政务。桑结嘉措悬着的心暂时算平稳了点。

而这个时候，最关键的人物是仓央嘉措。

1702年6月，格鲁派的高僧们护送仓央嘉措来到日喀则的扎什伦布寺。五世班禅见到自己的徒弟非常开心。迫切地希望小达赖能向众僧展示自己的学习成果，请求他为全寺的僧人讲经。然而，让人震惊的一幕发生了。仓央嘉措跪倒在地上，说道：“弟子有违师命，比丘戒我万万不受。请师傅把我的沙弥戒也收回吧！”