这一地区对中国有双重的战略意义。一方面，海上油轮的运输安全对中国的经济稳定有着至关重要的意义。中国南海一直受到海盗的骚扰，他们经常袭击过往船只，造成了真正的威胁。同时，南海也是世界上大规模海盗为患严重的海域。此外，一旦与日本和台湾地区产生冲突，中国在南海的驻军使北京具备了扰乱它们的能源供应的能力，尽管美军在该地区也驻有以日本为基地的第七舰队。为此北京坚持她关于太平洋入口和南沙群岛的领土要求，谋求通过协商找到一个解决争端的方法。

存在争议的边界中最敏感的，也可能是最具火药味的问题是中日之间关于中国东海一些小岛的主权问题。在几十年的时间里，两国关于这个问题没有什么进展。2004年3月，就在关于钓鱼岛主权的非政府组织成立之时，突然出现了关于钓鱼台群岛（日本称其为尖阁群岛1972年，在中国政府和台湾当局的抗议声中美国将冲绳群岛交付日本。1895年日本在占领台湾岛的同时，吞并了冲绳。）的第一次警报，声称将在中国福建的厦门和这些岛屿之间开设经常性的航线。同年8月，台湾当局又掀起了一场风暴，他们指责北京方面"威胁地区稳定"。20042005年，中国的监视船只曾经20多次在邻近日本的海域出现。台湾方面认为"他们的目的是要打破日本、琉球、'台湾'和菲律宾建立起来的岛屿封锁线，并与美国对抗"。另外，2004年11月一艘中国潜艇闯入琉球群岛南部的日本海域，日本反应强烈。接下来的两天，共同社曝光了这一事件，声称为了解决"台湾问题"或能源竞争，中国将会对日本或台湾地区发动攻击。2005年1月以来，局势变得更加紧张，由于日本首相参拜靖国神社时发表的关于亚洲邻国的挑衅言论，随之而来的是中日之间的重大政治危机。在靖国神社中供奉着历次战争中为日本牺牲的亡灵，包括1068名战犯，其中14名为甲级战犯主要指经过同盟国（美国、英国、荷兰、中国等）军事法庭审判的战争罪犯。。

正是该地区的能源资源使日本下定决心在冲突中采取主动。小泉用非常戏剧性的方式强调了他捍卫日本能源资源的决心，同时向议会保证"会尽其所能捍卫日本在海洋资源上的权利"。2月，东京宣布取得了钓鱼岛上由极右翼组织于1978年建立的灯塔的控制权，钓鱼岛是尖阁群岛的最大岛屿。建灯塔的人无力继续管理，因此东京决定由国家来接管。与此同时，日本与韩国发生了另一起冲突：日本的一个地方法院通过决议，认定日本拥有对目前处于韩国控制之中的竹岛（韩国称其为"独岛"）的主权。对此，韩国总统卢武铉以"外交战争"作为报复手段，并且提醒日本对可能的经济损失做好准备。至此，日本在美国的无条件支持下所采取的对亚洲邻国的政策一无所获，只是增加了地区紧张，促使中国揭露了日本的霸权企图。关于这些岛屿的领土争端无法在中短期解决，如果中、日其中一方的政治或战略利益有需要的话，甚至很可能演变成小规模的军事事件。不过自从安倍晋三被任命为首相后，目前的趋势似乎朝着好的方向发展，双方都有意愿去除双边关系中的不切实际的要求，从而集中力量解决分歧，缓解紧张局势。