1947年印度独立，1949年10月中华人民共和国成立。1950年6月，朝鲜战争拉开冷战的序幕，中国的西藏成为了印度、美国的主要战略关键。西藏高原平均海拔5000米，西藏自治区占地100多万平方公里。控制西藏就意味着为美国提供了窥探中国边境的理想观察点；对印度来说，控制西藏意味着在与新中国的竞争中享有一个决定性的战略优势地位。1950年后，中国人民解放军进驻西藏，以便将其纳入新中国的控制并最终消除独立主义的倾向。事实上新中国的领导人仅仅是重拾中华民国的领导人于1911年发表的讲话，即确认中国对西藏的主权而已。但是"西藏问题"在这段最近的历史中增添了战略重要性，北京证实美国中央情报局自1951年以来在该地区进行了秘密行动。达赖喇嘛派遣密使与美国使者在印度会面，目的是为了获得美国对其分裂活动的支持。自这一时刻起，美国中央情报局开始给予西藏分离势力以物质支持，并在科罗拉多的一个基地培训了几千名抵抗运动分子，随后这些人被派往印度，渗入西藏地区，组织反中国政府游击队。一些西藏人参与了这些行动，达赖喇嘛的兄长嘉乐顿珠在其中扮演了类似于情报员的关键角色。

20世纪50年代，中国共产党领导的中央人民政府认定这种神权政治体系是封建性质的，政府所采取的民族改造政策自然引起了僧侣阶层的敌意。旧西藏社会主要分为两个部分：拥有最高权力的僧侣及广大的农奴（在120万居民中大约占70万），这些农奴通常归寺院所有，生存状态极其恶劣。土地改革以及政府发起的"与野蛮落后思想做斗争"的运动，引起了寺院和数个世纪以来习惯于因宗教而得到尊重的贵族阶层的强烈不满，他们无法接受自己的权力受到质疑。1959年3月，由于印度的破坏性活动，西藏爆发了叛乱，遭到中央政府有力的镇压。达赖喇嘛在美国中央情报局的帮助下逃往印度。中央政府决定性地巩固了对这个地区的控制，1965年成立了"西藏自治区"。达赖喇嘛在印度安顿了下来，开始了长期的游说生涯，希望有一天可以获取"独立"。由于达赖喇嘛的流亡，十世班禅喇嘛取代了他在西藏住民中的影响。西方领导人都承认中华人民共和国政府拥有西藏主权的事实，抗议只能停留在不明真相的部分人口头上。

1989年，班禅喇嘛去世。中国政府沿用1793年由乾隆皇帝首创的金瓶掣签制度选定了其继承人。西藏分裂主义者和"人权抵抗组织"无理指责中国政府"挟持"了班禅，北京予以了严正否认。通过金瓶掣签选出的班禅在拉萨主持仪式，并在2005年12月庆祝自己即位10周年。