甲申之变的成功解决，朝鲜王室虽对袁世凯心怀感激，但国王李熙软弱无能，凡事多仗闵妃。闵妃重用亲信，独断专行，肆意妄为，并与俄国暗中往来，企图变朝鲜为俄“保护国”。袁世凯为了遏制闵妃，想让前两三年被擒拿至天津的大院君李昰应回国，利用李昰应的影响和声势，钳制闵妃，遂向李鸿章提出大胆建议，谓：“大院君智谋才略，实胜其子数倍，颇为其国人所尊敬，且深明大义，光绪八年不得已而掳归，兹宜晓以大义，赦其回归，使其父子同心协力，于其国计颇有裨益。这建议与李的想法基本一致。在甲申之变前，李鸿章就有释放大院君回国的想法，只因闵妃（诸闵）、赵太妃等对大院君回朝多加阻拦；李也担心大院君回国后，过多干预朝政，使朝鲜陷入内乱。但甲申政变爆发后，李鸿章深感朝鲜朝廷软弱无能，摇摆不定，如有大院君坐镇，情况当大不一样，遂更加赞同袁世凯提出的”以父临子“的主张。《天津条约》后，袁世凯深感”韩王昏聩糊涂，最易受人煽感，又复见异思迁……久必为日俄所愚，叛我独立“，遂上书李鸿章，赦大院君回国，以收拾人心，抑制闵妃，父子同心，共为国家计。李鸿章经袁世凯不断陈情，遂坚定赦大院君回国之决心。加上，本来犹豫不决的清廷也因俄人侵朝愈演愈烈，一改态度，毅然命李鸿章酌情办理。李鸿章随后派袁世凯护送李昰应回国，并致书朝鲜国王，曰：袁世凯两次带兵贵邦，扶危定倾，人民信重。

赦免大院君回国，并不是李鸿章的得意之作，或曰失策之举，主要原因是大院君与闵妃积怨太深。大院君一回国，诸闵就采取了极端手段，以剪大院君残存的党羽，搜捕金春永、李永植，并处以极刑。大院君的随从十余人，也都人人自危。后虽经袁世凯从中斡旋、交涉，迫害事件得以停止，但诸闵遂对袁世凯及清廷不满，这对中国巩固在朝鲜的宗主权地位产生诸多不利影响。对于这些，袁世凯在护送大院君之前，也是欠考虑的；护送途中，袁世凯对朝鲜王室没有派员前来迎接大院君的怠慢行为多为气愤；护送回国后，袁世凯才深切体会到大院君与诸闵矛盾一时难以化解。后来，袁世凯虽有意冷落大院君，以平诸闵之气或拉拢诸闵，但闵妃权贵猜忌丛生，对袁世凯也萌生了敌意。”无论袁的本意或其表面的做法仅是在维护大院君本人，而诸闵则始终不能消除一种本能的疑惧，认定袁助大院君复掌政权。“这些都是袁世凯所未能料及也是考虑不周的。

光绪十一年（1885年）九月，李鸿章在听取袁世凯护送之事汇报后，颇为满意，遂向朝廷发了奏折，谓：“查有分省补用同知袁世凯，胆略兼优，能知大体。前随吴长庆带兵东渡，久驻王京，壬午、甲申两次定乱，情形最为熟悉，朝鲜新旧党人咸相敬重。此次派命伴送李昰应归国，该国君臣殷殷尉留。昨接朝王来函，亦敦请该员在彼襄助。若令前往接办，当能措置裕如。”随后朝廷准奏，正式任命袁世凯为“驻扎朝鲜总理交涉通商事宜大臣”，俟补缺后以道台升用，加三品衔。此前，大清驻朝鲜的代表是陈树棠。陈树棠“忠厚有余，才智不足”，陈的职位是“总办商务委员”，顾名思义，只是专办商务而已，与领事不能“同品”。而此次改任袁世凯，称袁为“驻扎朝鲜总理交涉通商事宜大臣”，冠以“交涉”两字，端在“优其事权……略示与外交之意”。十月初，袁世凯在天津拜别李鸿章后，赴朝履新。李鸿章还致朝鲜国王书一封，曰袁世凯“奉旨令驻扎汉城，襄助一切。以后贵国内治外交紧要事宜，望随时开诚布公，与以商榷，必于大局有裨”。尔后袁世凯对朝鲜内政外交事宜，多有干预，权限越来越大，中国在朝鲜的宗主权也得以强化。