袁世凯本以为，既有此三项协议，朝鲜派出使臣当会自觉遵循。可没想到，出使美国的朴定阳到美国后，不但故意托病不到中国使馆报到，而且自行前去会见美国国务卿。朴定阳能如此不顾朝中已有协议，定受国王李熙暗中支持。对于此事，袁世凯非常来气，觉得朝鲜政府言而无信，得寸进尺，出尔反尔，要朝鲜政府严惩朴定阳。而此时的李熙及朝鲜政府显然不愿就此罢手，他们不但没有严惩朴定阳，而且待朴定阳回国后，反倒升朴定阳为都承旨兼副提学。袁世凯越发气愤，不断照会诘责，而李熙就是迟迟不肯惩治朴定阳，而且还说要删去此前约定的三项协议。袁世凯知道此事关系重大，非动真格不可，不断电请李鸿章，想以李鸿章之威望，让李熙就范，甚至扬言要进宫代李中堂当面质问李熙。李熙无奈，知道如果再僵持下去，必将迁怒中国，迁怒李鸿章，遂让朴定阳暂时去职。

朴定阳的去职，看似袁世凯取得胜利，朝鲜政府对袁世凯的不满达到了极点，李熙及闵妃想借袁世凯三年届满之际，致书清政府，以袁世凯“驻东既久，终难相济”为由，请求派人接换，另选一“公正明识者”。实际上，李熙是想借机把袁世凯赶走。但李鸿章知道此时的朝鲜，如果没有袁世凯从中斡旋、震慑，必将迅速离经叛道，遂李鸿章向朝鲜上书，称赞袁世凯：“该员素有血性，驻韩三载，能任劳怨，惟少年气锐，初到时间有涉于疏略及过常之处。鸿章一再告诫，近来历练较深，尚能慎重自持。往年两次遣兵定乱，该员身在行间，为彼中士民所信服，旋经派往专驻，遂觉久而愈亲……”光绪十五年（1889年），清廷准李鸿章之奏，称袁世凯驻朝三年，办事得宜，“血性忠诚，才识英敏，力持大局，独为其难”，仍留朝鲜为钦差大臣，即驻朝鲜公使，并赏以道员升用，加二品衔。