袁世凯不仅制定了严明的军律，而且在执行的时候一丝不苟，不给任何情面。一次，袁世凯观看野战演习，颇为不满，立刻对带兵的高级军官龚友元、任永清、冯国璋、曹锟等十余人一起处罚，有功者均销去记功一次，无功者先行记过一次。步兵营统带徐邦杰因没有对原募兵士的部分籍贯查明更正，犯了玩忽职守罪，被销去记功一次；左队领官赵国贤，降为代理。

袁世凯为了严肃军纪，形成军队绝对服从命令的思想，大量重用亲信，以更好效忠自己。袁世凯所用之人，据学者考证，大抵为以下三类：第一类是追随他多年的“亲朋旧部”，如刘永庆，袁表弟，担任新建陆军粮饷局总办兼转运局总办，掌管全军粮饷军械大权；吴长纯，袁世凯老部下，担任新建陆军步兵右翼第二营统带。还有吴凤岭、雷震春、江朝宗、王同玉、赵国贤、王凤岗、徐邦杰、唐天喜等人亲朋旧部，都得到高升，分别担任了新建陆军的统带、领官、哨官和哨长等职。第二类是北洋武备学堂的毕业生。李鸿章创办的北洋武备学堂，是当时国内最大的一所陆军学堂，毕业的学生大多能掌握一些近代军事技术，但不受重用，毕业后大多被派入淮军中长期担任教习，无实权，升迁慢。袁世凯将他们召至新军后，破格提拔，授以训练或指挥大权，从而实现他们的抱负，也更加效忠袁世凯。这些人中着名的有王士珍、段祺瑞、冯国璋、曹锟、张怀芝、段芝贵等，这些人在袁世凯的提携下，后来都成为北洋的中坚力量。第三类是淮军旧将。袁世凯向以淮军的后继人自视，广为招纳淮军旧将。如重用曾隶袁甲三部镇压捻军的姜桂题，重用原是宋庆军的张勋，重用原是淮军胜字左军的任永清，对李鸿章推荐的淮军人才阮忠枢也格外器重，收为幕僚。