1860年11月，亚伯拉罕·林肯当选为美国第16任总统，他是美国历史上最受欢迎的总统之一。当时，美国北方的工业资本家与南方的种植园主已经到了水火不相容的境地。在林肯之前，美国就有11位总统是南方的种植园主捧上台的，遇有南北之间发生摩擦，这些总统在解决矛盾时总是偏袒于南方。在南方种植园主看来，林肯当总统将是北方资本家进行反攻的开始，为了维持以奴隶为基础的种植园，他们便采取种种对抗林肯的策略。1861年4月，南方佐治亚、南卡罗来那、佛罗里达、密西西比、亚拉巴马、路易斯安那和德克萨斯7州先后宣布脱离林肯的联邦政府，独自组成邦联政府。之后，阿肯色、维吉尼亚、田纳西等州也相继响应。几天后，林肯总统下令对南方各州进行经济封锁，南北战争正式爆发。

1861年4月17日，特别敬业的杰克逊被罗伯特·爱德华·李一眼看中，派往连接北方的重要渡口--亨利渡口，负责指挥防务。几天后，杰克逊被授予邦联军队上校军衔，并担任维吉尼亚第1步兵旅旅长。同年7月，又被晋升为准将，参加第一次纳尔萨斯会战。

在这次会战中，北方军队在军乐声中排着整齐的队形，向里士满进军。由于北方军事先大张声势，华盛顿许多市民、记者、国会议员等像过节一样身着盛装，携妻带子，前来战地看热闹。南方军也不示弱，他们在纳尔萨斯调兵遣将列阵相迎。在一片呐喊助威声中，北方军队向南军开始了进攻，几乎在一瞬间，猛烈的炮火密集地射向南军阵地。炮轰之后，北军便向布尔河对岸发起进攻。有着丰富作战经验的南军指挥官杰克逊沉着应战，接连击退了北军5次冲锋。由于南北双方军服的颜色差不多，敌我不分的战场一片混乱。迅速赶到的南军援军也发起英勇的反攻。强劲的北军想不到会遭受这样的抵抗，丢下大批枪支弹药溃退下去。北军这一仗损兵折将，南军损失很少。毕将军说：“Look， there stands Jackson like a stone wall（杰克逊像石墙一样屹立在那里）”，使杰克逊获得“石墙”的美称，而第1步兵旅也从此被称为“石墙旅”。

1862年10月，罗伯特·爱德华·李开始改组自己的军团，杰克逊被提升为中将，出任杉安道谷地战区司令，除了指挥石墙旅以外，杰克逊还指挥着洛林准将的一个旅和艾什比中校的第7骑兵团，总兵力一万余人。同年12月，杰克逊率兵占领了河谷北端的温彻斯特，一方面派出骑兵部队破坏巴尔的摩-俄亥俄铁路，之后，又占领了巴思和罗姆尼两座小镇。

罗伯特·爱德华·李把洛林准将分派给杰克逊当副手，是人事安排的一大败笔。洛林是南军中最有名的将军，因为作战经验丰富晋升为上校，是当时美军最年轻的现役军官。内战爆发后，洛林毅然加盟罗伯特·爱德华·李的南军，很快晋升准将。不管论学历还是资历，他都自认为比杰克逊优秀得多，洛林因此对于在杰克逊手下做副手一事很是不悦。

洛林带领的部队不但毫无组织纪律性，还牢骚满腹，许多官兵开了小差。这让相当敬业的杰克逊深感失望，洛林不但不严加管教，还视而不见。有一次，杰克逊派洛林旅到环境恶劣的罗姆尼去镇守，却把自己的部队安排在条件稍好的地方宿营。洛林于是联合十几名军官共同向杰克逊提出抗议，有个军官还把抗议书直接送到南军首府，总统戴维斯相信了片面的说辞，命令罗伯特·爱德华·李发电给杰克逊，命令他把洛林部队撤回，之后还破格提升洛林为少将。

受了一肚子气的杰克逊十分恼火，随后向上司约翰斯顿将军递交辞职信，约翰斯顿也没法处理，他在信后背书写上“如果此人辞职，我不知道还有什么人可以替代他”后，立刻把信转呈州长莱彻。莱彻看信后对戴维斯提出强烈的抗议。在州长的劝说下，罗伯特·爱德华·李收回成命，并向杰克逊道歉。经过莱彻的耐心调解，杰克逊也收回了辞职信。