1916年12月26日，蔡元培被正式任命为北京大学校长。1917年1月4日，蔡元培开始到校办公。蔡元培的一言一行，让北大人觉得耳目一新。蔡元培就任这一天，北京大学的校役们照例排队在校门口恭恭敬敬地向他行礼以示尊敬和欢迎，北大校长当时是由大总统直接任命的特任官（相当于部长级），官高位尊，以往对校役是从不理睬的，不想蔡元培在校役们行礼过后，当即摘下礼帽，规规矩矩地向他们鞠躬还礼。这个行动使欢迎的师生和校役感到惊讶和新鲜。此后，他每天出入校门，校警向他行礼，他都脱帽鞠躬。

1月9日，蔡元培在就职演说中，对学生提出三项要求，即“抱定宗旨”、“砥砺德行”、“敬爱师友”，明确指出，大学是研究学问、求学的机关，“大学者，研究高深学问者也”，“大学生当以研究学术为天职，不当以大学为升官发财之阶梯”，要求学生不仅要树立正大的宗旨，而且必须“抱定宗旨，为求学而来。入法科者，非为做官；入商科者，非为致富”。衡量教员和学生优劣的标准，是依他们学问的好坏有无，而不是看他们地位高低、家庭贫富和来头大小。这些观点，都是北大学生前所未闻，也与他们的习惯观念迥异，使学生倍觉新鲜。

1917年是北大历史上重要的一年，这一年也是北大建立20周年，12月17日，北大举行了历史上的第一次校庆纪念。这次校庆，与其说是感念过去，毋宁说是庆祝新生。当时文科教授、词人吴梅曾作一首纪念歌，反映这一特殊时段的历史意蕴。其歌曰：“域朴乐英材，试语同侪：追想逊清时创立此堂斋，景山丽日开，旧家主第门桯改，春明起讲台，春风尽异材。沧海动风雷，弦诵无妨碍。到如今费多少，桃李栽培；喜此时幸遇先生蔡。从头细揣算，匆匆岁月，已是廿年来。”

“喜此时幸遇先生蔡”，正反映了北大师生对蔡元培的信任和期望，以及北大人对未来的信心。

蔡元培自1917年进入北大至1927年底脱离北大，共有10年多的时间。这10年是北大历史上生机勃勃、辉煌灿烂的10年。蔡元培的名字同北京大学紧紧联系在一起。他的思想、精神和业绩已深深嵌入了北大的历史，当然还有中国的教育史和现代史。