从沟通各科的目的出发，1919年北大决定取消科别，改门为系。全校当时共设数学、物理、化学、地质学、哲学、中国文学、法国文学、德国文学、俄国文学、史学、经济、法律等14个系。学长制同时废除，改设系主任。这样，原属文、理、法三科的各学系分别称为第一、第二、第三院。第一院在沙滩汉花园，第二院在马神庙公主府，第三院在北河沿。第一、第二、第三院只是各学系所在地区的标志，已不是一级机构。

蔡元培在北大进行学制方面的第三个重大改革是改年级制为选科制。

改制之前，北大实行的是日本的年级制，一学年要学习若干课程，都是必修课。这种年级制之流弊，使锐进者无可见长；而留级者每因几门课程之不及格，须全部复习，兴味毫无，遂有在教室中瞌睡，偷阅他书及时时旷课之弊，而其弊又传染于同学。而且年级制太束缚学生的思想，不能让学生发展个性、自由地钻研其心向之学科，不符合学术自由、思想自由的原则。早在1917年10月，蔡元培在教育部召集的在京各高校代表会议上就提出废除年级制，采取选科制议案，并决定由北大试行。1919年暑假后，随着文理科教务处的设立、废门改系，文理科各系陆续地改年级制为选科制。

选科制仿美国办法，大学生在必修一定数量的课程之外，同时可以自由选修一定数量的其他课程，这些课程可以是本系开设的，也可以是其他相关系开设的。北大的选科制是和实施单位制（即后来的学分制）相联系的。当时北大本科生必须修完80个单位方可毕业（按每周1学时，学完一年的课程即为1个单位）。80个单位中，一半为必修课，一半为选修课。预科学生必须修满40个单位，其中四分之三为必修课，四分之一为选修课。各系选科由教授会决定，学生选课必须经过教员审定。

自从北大在近代高等教育史上开了选科制的先河之后，各大学纷纷效仿。选科制的实行，被公认为是我国大学教育上一个极大的进步。直至今天仍为我国大学的一项基本制度。

蔡元培鼓励师生集中精力进行学术研究，改变学生“奔竞及游荡的旧习”，但又反对死读书、读死书的坏传统。他认为“研究学理，必要有一种活泼的精神，不是学古人‘三年不窥园’的死法能做到的”。为鼓励和提倡学术研究，引导学生参加各种有益的社会活动，在他的倡导下，北京大学组织了各种学术和社会团体。1918年到1919年间，比较重要的学会和社团就有国文学会、史学会、地质学会、数学会、心理学会、教育研究会、新文学研究会、俄罗斯文学研究会、画法研究会、音乐会、马克思学说研究会、平民教育讲演团、新潮杂志社、国民杂志社、进德会、哲学研究会、新闻研究会、体育会、静坐会等。其中进德会、哲学研究会、新闻研究会、画法研究会等是由蔡校长亲自发起的，其他各会也多是在他的倡导和支持下得以建立起来的。这些社团，有的是为了砥砺德行、提高修养，有的是从事学术研究，有的是把学生引向正当的娱乐。各种社团活动改变了北大从前沉闷和颓废的空气，学术讨论和思想争辩蔚然成风，全校出现了生机勃勃的景象。杨晦教授在《五四运动与北京大学》一文中回忆当时的情景，感慨万千地说：“当时校内的学术活动和社会活动是很活跃的，特别是到了1918年、1919年，随着政治上的变动和外交的吃紧，随着新旧思想斗争的展开，就一天比一天开展，一天比一天活跃。平常，除了北京大学日刊每天出版外，还有宿舍的影壁上、墙上随时出现的海报、布告等。有人发出什么号召，就有人响应；说开会，就有人去。开会的地点，大些的会，在饭厅开的时候多，要说话的，站在板凳上就说起来，甚至在厕所里开辟‘厕刊’，互相辩难。北大当时还有一个特点，就是有什么活动或有什么社团组织，一般都是放一个签名簿在号房，谁愿意参加就可以自由签名。学术思想斗争跟社会活动同时在北大活跃。”这么多的社团和活动，在中国是独一无二的，许多社团及其刊物对当时社会发生过重大影响。