20世纪30年代至40年代是钱穆思想发展最重要的时期，也是他学术着作的高产时期。他的传世之作，多生成于这忧患的时代。他于1933年写成《先秦诸子系年》，1935年交由商务印书馆出版。1937年5月，商务印书馆又出版他的《中国近三百年学术史》。1940年香港商务印书馆出版其着名史学着作《国史大纲》。40年代，钱穆还花大力气编写了《清儒学案》，全书计四五十万字，字字都是他亲手抄写。可惜在抗战胜利时，书稿装船返南途中，落入长江之中，一番心血付诸东流，人们只能从事先发表的书序中得窥此书的概要了。从《刘向、刘歆父子年谱》到《国史大纲》诸书，钱穆以自己不朽的着作无可争辩地跻身于国学大师的行列。

钱穆治学不盲从，一心本其为天下宏道的责任感和爱国热忱，发抒其困心衡虑所得，这种治学态度也是令人感佩的。他治经学，敢向康有为挑战；治先秦诸子，敢与章太炎、梁启超论短长；讲近300年学术史，根本不同意梁启超的说法，另起炉灶；研究历史，在钱玄同、胡适、顾颉刚等疑古思潮盛行之时，他打起信古的旗号，重整了中国历史连绵不断的生命脉络。钱穆对待自己的学术思想是认真而严肃的，从不轻易改变自己的见解。据说《先秦诸子系年》写成时，先送清华大学出版，但清华有人指责其体裁不当，建议改撰，钱穆二话不说，转送商务印书馆。《国史大纲》写完后，国民政府出版委员会审查，指令修改书中某些章节。钱穆坚决不从，经多次争执，终于依原稿出版。

多少了解点儿中国近现代科教史况的人都会惊羡于钱姓人家人才辈出。现代中国物理学界最出名的“三钱”（三强、学森、伟长）都是需仰视才能窥其一鳞半爪的人中之龙，这姑且先不去说，就说跟钱穆同时代的钱姓同事。这个人叫钱基博，钱基博比钱穆扬名来得还要早，1927年，钱穆到商务印书馆出版专着《国学概论》，还要拉大旗做虎皮请钱基博为之写序。钱基博把此事交给了儿子钱钟书。钱钟书其时还只是十七八岁的毛孩子，正像小王勃之与宴滕王阁，受命也不谦逊，即刻挥笔，一气呵成。钱基博读后竟一字未易，便签上大名。那时钱穆也还年轻，大概小钱基博10多岁，而比起钟书，又长了10多岁。二钱家的关系一时又不好查对宗谱，所以就按年龄来称呼。钱穆见了钱基博尊称叔父，钱基博稀里糊涂地又命儿子钟书也称钱穆为叔父，这也许又算得上读书人算糊涂账的一段笑话吧。而钱伟长则真真切切是钱穆长兄钱挚之长子、钱穆的亲侄子了。“钱伟长”的大名即钱穆所命。后来钱伟长考入清华，由历史系转物理系，费尽周折，最后还是托叔父做清华理学院长叶企孙先生工作才如愿以偿。

钱穆解放后去了香港，在那里创办新亚书院，后应蒋介石之邀定居台北，1990年8月30日在台北去逝。这位被中国学术界尊之为“一代宗师”或“中国最后一位士大夫”的故去，也可以说是宣告了一个学术时代的结束。