但是，日本警察看到中国的水兵又上岸了，心里出现了杀机，在长崎的广马场外租界和华侨居住区一带，日本警察有预谋地对中国水兵展开了袭击。

当时，数百名日本警察堵住各街道两头，挥刀砍杀手无寸铁的中国水兵。被煽动的当地居民也从楼上往下浇沸水、掷石块，甚至有人手拿刀棍参与混战。中国水兵猝不及防，又散布在各处，结果被打死5名，重伤6名，轻伤38名，失踪5名。日本警察被打死1名，伤30名，此外当地市民负伤多名。

事后，中国北洋舰队的负责人曾开会研究，怎么处理这件事，要不要对长崎进行报复？当时"定远"舰上的英国顾问说，应该让日本人认识到大清帝国的水师是不容侮辱的，建议炮轰长崎，将长崎炸为瓦砾，进行报复。这一方案上报给李鸿章，被李鸿章否决了，他不愿意因为这点小事与日本交恶，决定采取息事宁人的谈判解决方针。但为了威慑日本，事发后，几艘大清国的军舰停留在长崎港，将炮口对准了长崎市中心。 意思很明白，如果谈判没有结果的话，大炮就要说话了。

在中国军舰的炮口下，日本也打消了扩大事端的想法，中日双方通过外交和司法的途径进行了长达几个月的谈判。开始，日方态度强硬，中方也不甘示弱，甚至在中方谈判者中有人提出了"撤使绝交、以兵相胁"的主张，谈判最后延至1887年2月，双方在英、德公使的调停下，彼此让步才算达成了协议。

协议称：这次冲突是语言不通，彼此误会，没有追究谁对谁非，双方各对对方的死伤者给予抚恤：军官、警官的赔偿金是每人6000元，水兵、普通警察的赔偿金是每人4500元，水兵因伤残废者每人2500元。由于中国水兵死伤的人多，由此算下来，日方共赔给中方52500元，中方付给日本15500元，此外长崎医院的医疗救护费2700元也由日方自己承担。从结果看，至少中国并没有吃亏。

而在日本人看来，"长崎事件"的最终协议是在大清国的炮舰威胁下达成的，是对日本的极大侮辱。于是，日本当局开始在民众之间煽动民族情绪和反华思想，宣扬这次事件完全是清王朝凭借海上武力欺压日本，日本蒙受了耻辱。日本朝野的军国主义思想越来越浓厚，当时深受刺激的日本海军由此出现了一句誓言："一定要打胜'定远'"。据说，在日本海军军官中，在见面和道别时都要说这句话。

在军国主义思想蛊惑之下，甚至连天真的小学儿童也开始玩起了打击中国军舰的游戏：即把孩子分成两组，一组扮成中国舰队，另一组扮成日本舰队，进行捕捉"定远"、"镇远"的战斗游戏。

李鸿章把北洋军舰送到日本修理本来想借机威慑一下，不料竟深深地刺激了日本人狭隘的民族心理。日本认为，要想称霸亚洲乃至世界，必须先打败中国。为了取得对中国的海上优势，日本开始拼命地发展海军。日方鉴于清朝军舰"定远"号、"镇远"号外观新颖，威力强大，从此不断增加对海军的投入，一求超过中国。

"长崎事件"过后一个月，1887年3月，日本天皇就下令：从内库拨款30万元作为海防的补助费。全国的贵族和富豪们在天皇资助海军建设行为的鼓动下，也都纷纷为海防捐款，到9月底，日本全国的捐款数就达到了103.8万元，这些资金全被用做扩充海军军备、购买军舰。

1888年和1890年，日本军方提出了第七次和第八次海军扩张案，这两次扩张案共购买建造了"千代田"号（2439吨）、"吉野"号（4160吨）、"秋津洲"号（3172吨）、"八重山"号（1584吨）等军舰。日本的海军实力开始超越了中国。

其中我们熟悉的"吉野"号购自英国，时速23节，是当时世界上航速最快的巡洋舰。而最初英国是想把"吉野"号卖给中国的，但由于慈禧太后修颐和园，国库紧张，导致北洋水师没有经费了，最后，这艘世界上最先进的军舰就落在了日本人的手中，而"吉野"号也成了中国海军的死敌。由于日本军舰舰龄较短，在设计时吸收了当时世界科技的最新成果，后来居上，在许多性能上已经超过北洋舰队的军舰。中国海军在亚洲的优势地位已经不复存在。

在1890年，北洋海军2000吨位以上的战舰有7艘，共27000多吨，而日本海军2000吨位以上的战舰仅有5艘，共17000多吨。而到了1892年，日本提前完成了自1885年起的十年扩军计划，已经建立了一支拥有63000名常备兵和23万预备兵的陆军和排水量72000吨的海军，一举超过了北洋海军。