5日，清廷再下谕令：“惟以兼圻重臣，督署要地，竟有不法凶徒潜入署中，白昼行刺，断非该犯一人挟仇逞凶，已可概见。现在该犯尚无确供，亟须彻底根究。著张之万驰赴江宁，会同魁玉督饬司道各员，将该犯设法熬审，务将其中情节确切研讯，奏明办理，不得稍有含混。”清廷一开始就意识到此案的严重性，现在又怀疑非张汶祥一人所为，因此口气越来越严厉。

18日，清廷又下谕旨：“张汶祥行刺督臣一案，断非该犯一人逞忿行凶，必应彻底研鞫，严究主使，尽法惩办。现审情形若何？魁玉此次折内并未提及。前已明降谕旨，令张之万驰赴江宁会同审办。即著该漕督迅速赴审，弗稍迟延。魁玉亦当督饬司道等官，详细审讯，务得确供，不得以等候张之万为辞，稍形松懈，此事案情重大，断不准存化大为小之心，希图草率了事也。”清廷明确提出“严究主使”，从而抓住了本案的症结。对魁玉审案，似乎不耐烦了，字里行间充满了斥责，态度更加严厉。

24日，魁玉带着几分委屈、几分无奈、几分惶恐，再次奏陈：伏思前督臣马新贻被刺一案，案情重大，张汶祥刁狡异常，奴才督饬司道昼夜研审。张汶祥自知罪大恶极，必遭极刑，所供各情一味支离。讯其行刺缘由，则坚称既已拼命做事，甘受碎剐。如果用刑过久，又恐凶犯仓促致命。

不过，魁玉多少还是向朝廷报告一些进展，已审出张汶祥是“漏网发逆头目”，曾在太平军侍王李世贤名下领兵打仗，进攻漳州，转战安徽、江西、广东、福建、浙江等地。张汶祥的女儿张宝珍，儿子张长幅，同居之舅嫂罗王氏已被拿获，现在飞咨山西巡抚何璟，要求押解张汶祥所供时金彪归案对质。唯有此案的核心即行刺缘由仍无确供。

审讯的结果与判决

两江总督乃一品大员、封疆大吏，位高权重，名似直隶总督之下，实居各总督之首。马新贻担任两江总督，又是慈禧心腹，居然被刺身亡，朝廷自然认为刺马案并不简单，幕后必有隐情和主使，甚至矛头直指湘军集团。

审讯长达7个月，最后的审讯结果是：因马新贻力剿海盗，张汶祥为友复仇和为己泄愤而刺杀马新贻。终于为张汶祥定了一个“漏网发逆”和“复通海盗”的罪名。而马新贻，上谕赏加太子太保衔，照总督阵亡例赐恤，重重地予以抚恤，入祀贤良祠，列国史传，并赐谥端敏，又令在江宁、荷泽、庐州等地建立专祠，春秋官为之致祭，其子马毓桢则加恩赏给主事，分刑部学习行走。一句话，马新贻是一个好官，张汶祥是一个发逆。1871年4月4日，曾国藩奉旨监斩，轰动一时的刺马案终于拉下帷幕。

行刺动机的N个版本

历史上关于张汶祥行刺马新贻的动机众说纷纭，莫衷一是，主要有以下五种。

第一种说法：因马新贻力剿海盗，张汶祥为友复仇和为己泄愤而刺杀马新贻。

在1870年12月，漕运总督张之万、江宁将军魁玉上奏的一个奏折中，审讯官员称：凶犯张汶祥曾为发捻，后来又同海盗相通。马新贻在任浙江巡抚时曾经力剿海盗，张汶祥同伙多被马新贻捕获刑杀。加之，张汶祥妻子罗氏曾被吴炳燮诱拐，而在马新贻巡游至宁波时张汶祥曾拦轿呈控，马新贻却未受理。因此，张汶祥更是怀恨在心。因受海盗龙启沄指使和鼓动，张汶祥既要为同伙复仇，又要为自己泄愤，于是行凶刺马。这种解释似乎顺理成章，但朝廷开始并不相信这一解释，认为刺马案另有隐情，幕后必有主使，但后来不得不接受这一审讯结果。

第二种说法：马新贻私通回匪，张汶祥为此不平而杀之。

马新贻私通回匪而招致杀身之祸之说来源于张汶祥供词。在江宁将军魁玉初审张汶祥的过程中，张汶祥曾经供说马新贻私通回匪，并说是时金彪告诉他的。但当官府拿到时金彪，并让其与张汶祥对质时，时金彪却说张汶祥诬陷他。张汶祥也改了口供，后来又供称咸丰七年他为发捻时，曾经俘获时任庐州知府的马新贻，因不知马新贻是知府而将他与时金彪一起释放。当时审讯官员惊愕相视，录供者也停笔不敢记录。事后，当时负责审讯的江宁将军魁玉并未将所谓马新贻私通回匪一说上奏朝廷，至于马新贻曾在庐州被俘一事更是讳忌莫深。其实，马新贻庐州被俘一事至今没有确凿证据可以证明，但马新贻因私通回匪而招来杀身之祸的故事自此却不胫而走。