第三种说法：马新贻因审理江苏巡抚丁日昌之子丁慧衡（时任知府）致死人命一案造成督抚不和，从而招致杀身之祸。

督抚不和之说虽有些缘由，但证据不足。当时马新贻被刺，距丁惠衡案结仅40余天。1870年的那场校射，按照惯例，总督和巡抚都要参加（总督亲阅头棚，巡抚检阅第二棚），但江苏巡抚丁日昌恰巧头天奔赴天津协助曾国藩审理天津教案去了。故而朝野上下多有督抚不和之流言，太常寺少卿王家璧更是上奏直指总督马新贻被刺与江苏巡抚丁日昌有关。丁日昌眼看大火就要烧到自己头上，便急速赶回苏州，上奏请求朝廷敦促已被任命回任两江总督的曾国藩到任。丁日昌曾是曾国藩幕府和亲信，属于湘军集团人物。如果曾国藩到任，局势无疑会有利于丁日昌，故而更给督抚不和论调增添了层层疑雾。但“刺马案”是否为丁氏所为，实在无以为证，只有上述影迹供人猜测而已。

第四种说法：由于政治原因，马新贻被湘军集团设谋而杀。

有人声称，湘军集团与刺马案关系甚大，可能的理由大概有以下七点。

首先，马新贻在奉旨接任浙江巡抚进京请训时，慈禧太后授他密旨秘密调查天京陷落后太平天国国库金银财宝的下落。太平天国曾在天京积聚了不少财宝，但在湘军二号统帅曾国荃（曾国藩胞弟）率军攻进天京后，这些财宝被湘军洗劫一空。朝廷曾让时任两江总督的湘军头号统帅曾国藩查报太平天国国库的下落，但曾国藩报称天王府已被大火焚毁瓦砾全无。两江重地到处都是湘军人马，朝廷调任曾国藩为直隶总督，明升暗降，就是有将其调离老巢以便监控之考虑。

其二，马新贻在去江南任职的路上曾经请假回家祭祖，当其起程时将二位兄长召至身边秘密叮嘱：“我此去吉凶难料，万一有不测，千万不要到京告状。要忍气吞声，方能自保。”

其三，由于案犯供词闪烁，主审大员含糊其辞，清廷曾一天连下四道谕旨，前后审案官员多达50余人，长达半年之久不能结案，即便是在号称铁面无私的刑部尚书郑敦谨和老成持重的两江总督曾国藩长达月余的审讯下，所得结果亦不出前番官员之审讯，只不过量刑更为残酷，审讯过程非常曲折复杂。朝廷一直认为刺马案另有主使，但最终也不得不接受如此审讯结果。

其四，曾国藩回任两江总督和审理刺马案态度消极可疑。马新贻遇刺身亡后，朝廷即刻调派尚在天津处理教案的直隶总督曾国藩回任两江总督，但他上折固辞，朝廷几经敦促后才前往就任，且到任后并不着急审案。在与朝廷再次钦派的刑部尚书郑敦谨共同审案过程中，曾国藩又极少发问。审讯将近半个月后，曾国藩提示郑敦谨，恐怕案子还得像以前那样奏结。

其五，结案后刑部尚书郑敦谨的举动值得思量。郑敦谨得谕后本想将这个天下疑案审个水落石出，怎料审案月余后案情仍与此前无异，只好于1871年3月19日与曾国藩联名上奏审案结果。未等圣旨下达，更没等张汶祥正法，郑敦谨便匆匆离开了江宁，但他并未回京交旨，只打发两个随从郎中代他复旨。按照清制，钦差大臣不回京复旨是要治罪的。朝廷迭下谕旨命其回京，他以有病为辞，请求开缺，并终生不再为官。

其六，马新贻亲信、江苏候补道孙衣言给马新贻写的神道碑铭。碑铭称：“贼悍且狡，非酷刑不能得实。而叛逆遗孽，刺杀我大臣，非律所有，宜以经断，用重典，使天下有所畏惧。而狱已具且结，衣言遂不书诺。呜呼！衣言之所以奋其愚憨为公力争，亦岂独为公一人也哉!”此文一出，震惊朝野，舆论大哗，就连慈禧太后也怀疑其中另有隐情。

其七，刺客张汶祥死后有湘军将士为其立碑，并进行祭拜。于是，有人根据上述迹象怀疑“刺马案”与湘军集团有关。其实，这也只是猜测。曾国藩乃晚清中兴重臣，湘军乃清廷活命主力。要是曾国藩及其统帅的湘军有异心，湘军早就挥师北上，问鼎京师，曾国藩也早就称王称帝了。想当年，湘军将士出生入死，死伤无数，力挽狂澜，功莫大焉。然而功高震主，尽管曾国藩没野心，也识时务地及时遣散了湘军，但清廷对曾国藩和其他湘军将士仍然很不放心，唯恐找不到把柄。马新贻是慈禧心腹，也许以慈禧为首的清廷认为，甚至希望刺马案幕后主使就是湘军要人，然后借此对湘军集团开刀，历史上许多帝王就是这样对待功臣良将的。至于湘军将士为刺客张汶祥立碑并进行祭拜，这并不能说明湘军集团与之有什么关系，因为包括湘军将士在内，人们普遍同情张汶祥，并颂扬其为友复仇的义勇行为。所以，“刺马案”应该与湘军集团没有什么关系，至少没有充分的证据证明有什么关系。

第五种说法：马新贻渔色负友，张汶祥为友复仇而杀之。