对于国企改革中放权让利的思路，吴敬琏并不赞同。在他看来，企业改革的出路是充分市场化的公司。单靠经营模式上的细微调整并不能从根本上改变国企现状，唯有从市场的角度出发，让生产资料在以公司为单位的市场中自由流通，才能推进改革进程。1993年，吴敬琏与钱颖一合写《关于公司化》一文，建议国有大中型企业加快进行公司化改造。这个建议引起相关方面的重视，间接促使《公司法》在1993年底通过。

从1994年开始，中央政府按照《公司法》在全国推行现代企业制度试点。到年底，正式确立31家试点企业。但形势并未随之好转，反而滑入深渊。1995年后，国企经营状况持续恶化。相关数据显示，国企亏损面超过40%，负债率高居不下，几乎到了山穷水尽的地步。

每当改革遇阻，保守势力便会重新抬头。随着国企改革陷入困境，反对的声音又悄悄传出。1997年3月的两会期间，原本不允许散发材料，有人却违规发放指责国企改革的文章。一篇四处散发的文章认为，中国这些年的改革非但没有强化国有制，反而使它的比重不断下降，至于国企改革更是一种渐进式的私有化，将从根本上改变我们国家经济制度的社会主义性质。

改革进入深水区，势必会触及一小部分人的利益。作为改革重点的国有企业，蕴藏大量不为人知的非常地带。保守派为固守已有利益，企业承包者也因为获益不菲，势必要阻挠国企公司化进程，为此甚至不惜全盘否定改革。

1997年2月，邓小平在北京去世，改革派失去最大的靠山。中国何去何从再次成为世人关注的焦点。

经历过多次政治斗争的吴敬琏对形势已有明确的把握。为保住改革成果，他给中央高层写了一封建言信。针对国有制比重下降导致社会性质变化的观点，他在信中提出：“只要国家采取了正确的政策，有效地防止财富分配的两极分化，无论国有经济成分是多是少，我们国家的社会主义性质都是有保证的。”

随后，吴敬琏等人在报纸上连续发表多篇文章，倡导市场经济。与此同时，在辽宁考察国企的朱镕基提出了着名的“三年脱困”改革策略：用三年左右的时间使大多数国有大中型亏损企业走出困境。

吴敬琏隐约意识到，中央高层似乎已经下了彻底改造国有经济体系的决心。因此在接受中新社记者采访时，他大胆地指出：“具有保守思想的人想开倒车，而某些初期的改革者成了既得利益者，不想进一步改革，更有一些浑水摸鱼者认为现在的体制最好，他们不希望有公正竞争和真正的市场经济出现。”最后，他还希望“十五大”后，以多种实现形式的公有制为主体的多种所有制经济在平等竞争中迅速成长，促使改革力量壮大，推动改革尽快到位。

一周后，“十五大”在北京召开。会议提出“混合所有制经济”概念，认为国有经济比重的减少，不会对社会性质构成影响。江泽民强调：“坚持和完善社会主义公有制为主体，多种所有制经济共同发展的基本经济制度；坚持和完善社会主义市场经济体制，使市场在国家宏观调控下对资源配置起基础性作用。”

这次会议之后，关于姓“资”姓“社”的争论彻底平息，国企改革得以深化。这正是吴敬琏乐意见到的。