万历二十九年（公元1601年），十九岁的朱常洛终于被立为太子。对他来说，万历帝真的活得太久了。从成为皇太子到继位，又是漫长的十九度春秋。

被封为"福王"、封邸在洛阳的朱常洵久留于京，逡巡不去，始终是个大威胁。朱常洛战战兢兢，唯恐被废，别人也不把他放在眼里。他出阁读书时，正值寒冬腊月，北京正是滴水成冰的时候。太监居然不生火取暖，他冻得浑身发抖，却不敢吭气。还是讲官郭正域看不下去，大声训斥太监给他生火。他的生母王氏，不受万历帝宠爱，又多年不能见儿子一面，孤苦伶仃，凄凉度日，一病不起。当朱常洛得知母亲病危，忙奔向母亲的住所，门紧闭着，他把门撞开，冲了进去。王氏数十年以泪洗面，已经双目失明。她手拉着儿子的衣服，哭着说，"儿长大如此，我死何恨？"然后含泪而终。一入侯门深似海，如此死别，令朱常洛情何以堪。

明代常见的做法是，皇帝病重时，太子在修学之所--文华殿代理工作。皇帝驾崩时，百官就到文华殿朝拜太子，这样可以使权力衔接得更加紧凑。可是，万历帝病重时，朱常洛带着儿子去探望，守门太监竟然敢拦着不让进去。他也不敢抗争，只有从早到晚一直等在门外。后来经过兵科给事中杨涟、御史左光斗和东宫太监王安等人周旋，他才见到父亲万历帝最后一面。这皇太子当得可谓窝囊之极。

万历四十三年（公元1615年）五月初四，发生了梃击东宫太子朱常洛事件，被称为"梃击案"。这一年，朱常洛三十三岁。

这天黄昏时分，蓟州男子张差，手持枣木棍，从东华门直奔内廷，打伤守门太监，闯进太子朱常洛居住的慈庆宫，直到前殿屋檐下才被捉拿。当时，慈庆宫第一道门只有两名老太监守门，第二道门无人看守。事发后朱常洛惊恐万状，"举朝惊骇"，万历帝下令审讯。

负责审问的"浙党"官吏说张差是个疯癫病人，企图糊涂结案。而巴结郑贵妃的内阁首辅、"浙党"首领方从哲也不愿深究。东林党人、刑部提牢主事王之 ，通过单独提审和与刑部官员共审，发现三处疑点：第一，这男子不是北京人，是苏州人；第二，这苏州人叫"张差"，来历不明；第三，张差手里拿的大棒子，是枣木棒子。枣树生长很慢，碗口这么粗的枣树干，那得几十年才能长得这么粗，所以木质坚硬，用枣木大棒子打人，就跟铁棍子打人一样，尤其是拿在大汉手里，三两下就能要了人的命。张差还供出：是郑贵妃手下太监庞保、刘成"令我打上宫门，打得小爷（指太子），有吃有穿"。朝中东林党人怀疑是郑贵妃欲谋害太子，坚决要求彻底追究。事情牵连到郑贵妃，朝议汹汹。

希望案子马上了结的除了很可能是幕后人的贵妃姐弟，还有皇帝和方从哲。皇帝除了偏爱贵妃和福王外，还有一个理由是从稳定朝局的政治层面出发。真相一旦大白于天下，案子牵扯到太子、贵妃和皇帝，将太子和皇帝、贵妃的矛盾摆到明面上，这将带来多大的危机！大明最高当局可能会发生地震，以当时大明文臣党派林立、攻讦为常的习气来看，不知有多少人会利用这个案子兴风作浪，大明朝廷从此永无宁日。而万历帝已经当了四十三年皇帝，来日无多，他可不想在混乱中交班。可具体办案的中层官员，他才不考虑这个层面的问题，他们只想索真相，求公道，尤其是言官，就是靠这个博得声名的。

案子到了这个份上，只能请求圣裁，可皇帝此时也犯难了，天下人早已对他不喜欢太子议论纷纷，而当年妖人诅咒太子的事牵扯到贵妃和太监刘成，被皇帝包庇下来了，此番案件如此重大，关系到国脉，他再公开包庇贵妃，强行结案，也担心天下悠悠之口。于是，先谕令郑贵妃老老实实做人，贵妃此时知道了利害，乞求太子，说明自己毫无恶意。然后让当事人太子出马化解，万历帝亲自临幸慈宁宫，召见太子，并让方从哲以及其他文武百官站在旁边做见证。

万历久居深宫，已二十五年未见朝臣，此番走到台前，说明他是何等的郑重。皇帝拉着太子的手说："此儿很孝顺，朕十分喜欢，如果有别的意思，不就早立别人了吗？外臣心怀何意？动辄用流言离间朕父子！"同时，他还把太子生养的三个孙子叫到跟前，让各位大臣看，然后说："朕的孙子都这么大了，还有什么可说的。"并要太子心里有什么话当着群臣不要隐瞒全说出来。