与庞大的宦官数目相对应的，是宦官机构的不断增设与扩充。明代宦官机构主要为十二监、四司、八局，合称宦官二十四衙门。此外，还设有内府供用库、司钥库、内承运库、御药房、御茶房、牲口房、文书房等。这些监局中提供的有品级的职位不下千种。各监局负责人称为掌印，挂五品衔。总管二十四个监局的，称为司礼监，司礼监秉笔太监权利极大。

朱常洛患病后，郑贵妃指使崔文升以掌御药房太监的身份向皇帝进"通利药"，即大黄。大黄的药性是攻积导滞，泻火解毒，相当于泻药。所以，接下来的一昼夜，朱常洛连泻三四十次，身体极度虚弱，处于衰竭状态。后来，廷臣们对于崔文升进药的资格和所进药物是否符合医学原理两点，对崔文升进行猛烈的抨击。

给事中杨涟说："贼臣崔文升不知医……妄为尝试；如其知医，则医家有余者泄之，不足者补之。皇上哀毁之余，一日万几，于法正宜清补，文升反投相伐之剂。"他认为，朱常洛本来身体就虚弱，应当进补，而崔文升反而进以泻药，居心叵测。当时，朱常洛的生母王氏外家、原皇太子妃郭氏外家两家外戚都认为其中必有阴谋，遍谒朝中大臣，哭诉宫禁凶危之状："崔文升药，故也，非误也！"

八月二十二，朱常洛召见首辅方从哲等大臣，六品的给事中杨涟也在召见之列。朱常洛看了杨涟很久，说："国家事重，卿等尽心。朕自加意调理。"之后，朱常洛下令，将崔文升逐出皇宫。

八月二十九，鸿胪寺丞李可灼说，有仙丹要呈献给皇上。鸿胪寺是掌管朝会、宾客、礼仪等事的一个机构，鸿胪寺的正卿叫鸿胪寺卿，四品。他的副手是鸿胪寺少卿，五品。鸿胪寺丞又低一级，六品，大致相当于现在的处级干部。太监们不敢做主，将事情禀告内阁大臣方从哲。方从哲说："彼称仙丹，便不敢信。"接着，内阁大臣们进乾清宫探视朱常洛。朱常洛此时已着意安排后事，将皇长子交由阁臣小心辅佐，又问起自己的陵墓的营建事宜。在安排好一切之后，朱常洛问："有鸿胪寺官进药，在哪呢？"方从哲说："鸿胪寺丞李可灼自己说是仙丹，可我们不敢轻信啊。"

朱常洛自知命在旦夕，于是抱着试一试的想法，命李可灼入宫献药。到中午时分，李可灼调制好一颗红色药丸，让皇帝服用。朱常洛服完红丸后，感觉不错，一再夸奖李可灼："忠臣！忠臣！"他让内侍传话说："圣体用药后，暖润舒畅，思进饮膳。"傍晚，朱常洛命李可灼再进一粒红丸。尽管御医们都表示反对，但是朱常洛坚持要再服一颗。于是，李可灼再让皇帝服用了一颗红丸。服后，朱常洛感觉安适如前，没有什么不良反应。然而，次日（九月初一）五更，朱常洛便死去。于是，廷臣纷纷议论，指责李可灼、红丸是致皇帝暴毙的罪魁，而且还牵涉到方从哲。

红丸到底是什么呢？据说，这"红丸"制法很特别：须取童女首次月经盛在金或银的器皿内，还须加上夜半的第一滴露水及乌梅等药物，连煮七次，浓缩为浆。再加上乳香、没药、辰砂、松脂、尿粉等拌匀，以火提炼，最后炼蜜为丸，药成。据《明实录》记载，嘉靖年间，为了配制"红丸"，前后共选少女一千零八十人。嘉靖二十六年的二月，挑选十一至十四岁少女三百人入宫，三十一年十二月又选三百人，三十四年九月，选民间女子十岁以下者一百六十人，同年十一月，又选湖广民间女子二十余人，四十三年正月选宫女三百人。这些尚未成年的小姑娘，后来都成了嘉靖皇帝制药用后的"药渣"了。

红丸性热，正好与当初崔文升所进的大黄药性相反。本就虚弱的朱常洛，在最后的岁月连遭性能相反而且猛烈的两味药物的折腾，岂能不暴毙而亡！因"红丸"引发的宫廷案件和党派论争，史称"红丸案"。

嘉靖这样无情地摧残女子，简直毫无人性，终于引发了中国历史上一场特殊的宫女暴动。以杨金英为首的十几名宫女，义愤填膺，一齐上阵捺住嘉靖皇帝，用绳子套住他的脖子，拉的拉，压的压，想把他勒死……如果她们不是因为太紧张打了个错结，嘉靖必死无疑。这是一种深入骨髓的仇恨，使世界上最善良的宫女用谋杀的手段，以图跟她们的仇敌同归于尽。由此可以想见制造出红丸的宫廷是何等肮脏恐怖。