李可灼这个案子，一直争吵了八年，成为天启朝党争的题目之一。

有人认为，李可灼进的"红色丸药"就是"红丸"，是普普通通的春药。春药属于热药，皇帝阴寒大泄，以火制水，是对症下药。李可灼把春药当补药进上，只是想步陶仲文后尘，只不过他时运不佳而已。有人认为，那红色丸药是道家所炼金丹。用救命金丹来对付垂危病人，治活了则名利双收，死了算是病重难救。李可灼很可能是这样想这样做的。

还有人认为，拿春药给危重病人吃，有悖常理。李可灼明知自己不是御医，病人又是皇帝，治出了问题，脑袋都保不住，为什么还这样大胆进药？况且，朱常洛纵欲伤身，急需静养，怎么还用这虎狼之药？由此推断，李可灼必是受人指使，有意谋杀皇上。再一追查，崔文升曾是郑贵妃属下之人。崔该杀！崔的幕后指使也该追查！

另外，李可灼是首辅方从哲带进宫来的，也要追查方从哲。方从哲想逃脱罪责，慌忙上书请求退休。可是退休之后，声讨他、要求严办他的书文还特别多。方从哲一面竭力为自己辩护，一面自请削职为民，远离中原。许多大臣为他开脱，也难了断。最后，一位刚入阁的、与双方都无牵连的大臣韩 上书才平复了众议。李可灼被判流戍，崔文升被贬放南京。"红丸"案算了结了。

朱常洛就这样不明不白的走了，没当皇帝之时处处小心，当了皇帝没几天又抱憾而终；生前命运坎坷，死后陵寝也是采用当年景泰帝的废陵（景泰帝死后，英宗下令以亲王之礼安葬，所以景泰帝生前所修的帝陵被废弃），命运对帝王竟也如此捉弄。

朱常洛死后，尸骨未寒，又发生"移宫案"。

乾清宫是内廷的正宫，只有皇帝皇后才能居住。一些不应占居乾清宫的妃嫔占居了那里，朝官中有人为了体制，要求她们迁出，由此而生出许多事来。先是万历帝的妃子郑贵妃以照料疾病中的万历帝为名，住进了乾清宫，万历帝死后，她还赖着不搬出来，弄得新皇帝不能搬进乾清宫，大臣们觉得太失体统，用尽心机，郑贵妃才不得不搬出来。朱常洛进乾清宫时，他的妃子西李跟随入居。

朱常洛临终前，召大臣入宫，西李见大臣们来了，带着朱常洛的长子朱由校避进内房。朱常洛吩咐群臣，封西李为贵妃，西李在里面听见了，唆使朱由校出来向父亲请求封她为皇后。朱常洛当时没有答应，在场的臣子们对西李的做法十分不满。

朱常洛死后，西李仍住在乾清宫不走。她把朱由校带在身边，企图挟皇太子以自重。群臣求见皇太子，西李的亲信太监们挡在门前，不让他们进宫。此时，杨涟挺身而出，厉声斥责道："你们这些奴才想干什么？我们都是受皇帝召见的，皇帝晏驾了，你们敢造反不成！"太监们这才让开。西李把朱由校藏在自已房里，不让出来。东宫伴读王安走进房内，哄西李道："太子出去一下就回来。"他把朱由校带到宫门口，西李又反悔了，叫太监把朱由校带回来。太监们上前拉住朱由校的衣服，朱由校一时也没有了主意。杨涟上前将太监斥退，群臣簇拥着朱由校来到文华殿，随后又回到慈庆宫住下，准备登基。

经过这一番短兵相接的争斗，群臣对西李更加愤慨，纷纷上书，要求西李搬出乾清宫。西李仗着自己从小把朱由校带大，派太监去叫朱由校，企图通过他来压制群臣。西李派出的太监被杨涟挡在麟趾门前,杨涟对他说："殿下在东宫时是皇太子，现在已经是皇帝了。选侍有什么资格召见皇帝？你去传这个话，将来秋后算帐，即使不能把选侍怎么样，你却在劫难逃。"太监听他说得义正辞严，只得转身走了。

第二天，群臣齐集慈庆宫外，要求朱由校下诏，令西李搬出乾清宫。杨涟提议由首辅方从哲进宫去催促朱由校，方从哲却认为迟搬几天也无关紧要。杨涟说："皇长子明天就要登基为天子，哪有天子住在太子宫里，反让一个选侍住在正宫里的道理！两宫圣母如果活着，也得夫死从子，选侍算个什么人，竟敢如此欺侮天子！"杨涟还表示："今天要是选侍还不搬出乾清宫，我们死也不走！"其他朝臣也高声附议。在这种情势下，西李只得于九月初五搬到了仁寿殿。