左光斗等人仍抓住李选侍的问题不放。李选侍移宫时，手下人大概顺手牵羊，从乾清宫中盗走一些宝物，被发觉后交法司严办。一时宫中人人自危，谣言四起，说李选侍被逼得要上吊，皇八妹（选侍之女）要跳井云云。御史贾继春很是看不过去，便上书内阁，对朝廷的这种做法提出批评。他说："新天子刚刚即位，不应诱导他违忤先帝之意，逼迫庶母(指李选侍)。先帝尸骨未寒，而其妻女却已不保。"

因事关移宫，左光斗、杨涟坐不住了，立即纷纷上书，论争由此再起。天启帝回想起李选侍凌辱其生母、要挟先帝册封皇后，以及妄想垂帘听政诸状，不禁火冒三丈，当众历数其恶，并严责贾继春。

作为首辅，方从哲的做法就跟左光斗、杨涟不太一样。在他看来，处理这类事情，大可不必如此。因此，他从一开始就反对杨涟、左光斗那种逼李选侍移宫的做法，后来更是反对天启帝公布李选侍的罪状。从其位置来看，方从哲的做法也是可以理解的。但东林党人绝不会同意！他们认为，方从哲的做法，是非不分，善恶不辨，是贪恋权位。因此，在移宫之事平息后不久，他们又抓住泰昌帝的死因，大做文章，礼部尚书孙慎行追论"红丸"案，指斥从哲为弑逆不道，方从哲被罢官。

天启元年六月，复起的叶向高入京为内阁首辅，当时的阁臣共六位，叶向高、刘一 、韩 、何宗彦、朱国祚、孙如游，都是清一色的正人君子，除朱国祚以外，都有很出色的政绩，如果能够保持这个局面，足以纠君之错，并抑制魏忠贤的扩张。

此时，一向持正论的侯震 忽然上疏弹劾刘一 ，讥刺他结纳王安。任何一个正色立朝的大臣，最讨厌的就是说他不以正道进身，刘一 把这一点看得很认真，连上四道奏章辩白，并且请求解职。魏忠贤从中顺水推舟，传旨准他致仕回乡。首辅叶向高说他"有翼卫功，不可去"，熹宗复加慰留，而刘一 "坚卧不起"；天启二年正月，又上十二道奏章求去，坚决如此，只好让他打道回府。

刘一 之所以非摔纱帽不可，实在是伤透了心。第一是为侯震旸所攻，不容于小人犹可说，君子也不容，这份委曲何以言表？第二是为吏部尚书张鹤鸣所排挤，而张鹤鸣受过刘一 的提携，恩将仇报，自然亦让他寒心。宦途险峻，万念俱灰，唯有退隐田园，不问世事，这原是君子自处之道；但在君子与小人争得正紧张时，这方面从前线撤退了一员大将，局势自然大受影响。

再以赵南星为例。魏忠贤因赵南星严直之名远扬，对他不轻易有所犯，有时反而在皇帝前称赵南星任吏部尚书很称职，并想拉拢赵南星为己所用。他派遣自己外甥傅应星谒见赵南星，赵南星拒而不见，魏忠贤也无可奈何。

一次，赵南星与魏忠贤因公事并坐于弘政门，赵南星一脸肃然正气对魏忠贤说："主上冲龄，我辈内外臣子宜各努力为善。"魏忠贤虽未答对，已怒形于色。魏广微在入阁后，修后辈之礼，去拜父执的赵南星，都被拒之门外，赵南星叹息老友没有这种儿子，言语传到魏广微耳中，魏广微对赵南星更加恨之入骨，就与魏忠贤勾结起来谗害赵南星。

如果赵南星不是崖岸自高，正可以利用这层关系，影响魏广微，使其不致为恶，谁知"三及其门"，"阍人辞而不见"。结果魏广微发了话："他人可拒，相公尊，不可拒也。"本来做此官行此礼，布衣可傲王侯，做了官须守朝廷的体制，宰相拜尚书，三往而不纳，是赵南星无礼。东林名流，常有这种过分的言行。正气可敬，却微嫌刚愎，行事直道而行，不说后果，因而把一些游离分子都逼到了阉党那面。"东林未必皆君子，阉党未必皆小人"，为清初对天启朝局的定评，何以君子亦归于阉党？其故可思。

东林名流的特色是正气凛然，毫无假借，但政治之为政治，有其艺术，守经从权，应付甚难，不是一味硬干所能办得通的。说是刚正不阿，无非独善其身，有作为的政治家则在"不阿"以外，还能够影响别人"守正"，甚至为了一个远大的目标，不惜屈己从人，才是第一流政治家的胸襟和手法。可惜东林名流，除了少数如邹元标等人以外，都不免书生之见，令后人扼腕而叹。