然而，魏忠贤是过惯了有权有势生活的人，出京的时候竟然还带着卫兵一千人，大车四十余辆浩浩荡荡地向南去了。一个戴罪的太监竟然还敢如此跋扈，无疑进一步刺激了朱由检敏感的神经。于是，朱由检命锦衣卫旗校将魏忠贤缉拿回京。

魏忠贤的死党李永贞得知崇祯帝的谕旨后，连夜派心腹李朝钦飞骑追赶魏忠贤密报。李朝钦在一个名叫新店的地方赶上了魏忠贤一行。此日晚上，他们一行人到达阜城（今河北阜城，当时属京畿）投宿。魏忠贤住在尤克简家，他与李朝钦两人举杯痛饮。据说两人酒至酣处，忽听窗外有人唱起一首小曲《挂枝儿》。曲云：

"听初更，鼓正敲，心儿懊恼。想当初，开夜宴，何等奢豪。进羊羔，斟美酒，笙歌聒噪。如今寂寞荒店里，只好醉村醪。又怕酒淡愁浓也，怎把愁肠扫?

二更时，辗转愁，梦儿难就。想当初，睡牙床，锦绣衾 。如今芦为帷，土为炕，寒风入牖。壁穿寒月冷，檐浅夜蛩愁。可怜满枕。凄凉也，重起绕房走。

夜将中，鼓冬冬，更锣三下。梦才成，还惊觉，无限嗟呀。想当初，势倾朝，谁人不敬?九卿称晚辈，宰相谒私衙。如今势去时衰也，零落如飘草。

城楼上，鼓四敲，星移斗转。思量起，当日里，蟒玉朝天。如今别龙楼，辞凰阁，凄凄孤馆。鸡声茅店月，月影草桥烟。真个目断长途也，一望一回远。

闹嚷嚷，人催起，五更天气。正寒冬，风凛冽，霜拂征衣。更何人，效殷勤，寒温彼此。随行的是寒月影，吆喝的是马声嘶。似这般荒凉也，真个不如死!"

据说这是京师一位姓白的书生所作。当时魏忠贤、李朝钦在房中喝酒时，这位白书生在外厢房彻夜吟唱，听得魏忠贤是无限感慨，万念俱灰。现在看来，这首小曲似乎更像是在魏忠贤死后而作的。不过，这首小曲确实唱出了魏忠贤临死的心境："似这般荒凉也，真个不如死!"

魏忠贤选择了死! 十一月初六凌晨，魏忠贤在寓所上吊自杀，他的死党李朝钦也追随而去。十七年后，崇祯帝在煤山也以同样的方式走上了绝路，身边也只剩王承恩一人追随而去。这真有惊人的相似之处。不同的是，后人在崇祯帝自杀的煤山，还立了一块写有"思宗殉国处"字样的石碑，供人凭吊；而在魏忠贤上吊自杀之处。恐怕就不会有类似的东西。

魏忠贤死后，朱由检下令将其磔尸于河间，同时客氏也被赐死。阉党二百六十余人，或处死，或遣戍，或禁锢终身，气焰嚣张的阉党一举被铲除。

到了崇祯二年正月，终于开始"定逆案"，对朝廷官员又是一场大甄别、大清洗。当时边患正急，关中农民军势力已成，大学士韩 和钱龙锡等人的意思，清除阉党中的首要分子即可，为了安定政局，不主张大张旗鼓来办，但崇祯不同意。最后，据《明史·阉党传》七等定罪的名单是：

一，首逆凌迟者二人：魏忠贤、客氏。

二，首逆同谋论斩者六人：崔呈秀、魏良卿、侯国兴、李永贞、李朝钦、刘若愚。

三，交结近侍秋后处决者十九人：刘志选、梁梦环、倪文焕、田吉、刘诏、薛贞、吴淳夫、李夔龙、曹钦程、许志吉、孙如洌、陆万龄、李承祚、田尔耕、许显纯、崔应元、杨寰、孙云鹤、王体乾。其中只有一位级别很低却能跻身此列的，就是那位提议要把魏忠贤与孔子并祀的监生陆万龄。依照诸衙门官吏与内官互相交结、泄露事情、夤缘作弊而扶同奏启者俱为谄附之例律，这些人被判以斩首，秋后处决。

四，结交近侍次等充军者十一人：魏广微、崔应秋、阎鸣泰、霍维华、徐大化、潘汝桢、李鲁生、杨维恒、张讷、郭钦、李之才。

五，交结近侍又次等，论徒三年、输赎为民者一百二十九人：顾秉谦、冯铨、张瑞图、来宗道、王绍徽、阮大铖等。

六，交结近侍减等革职闲住者四十四人：黄立极等。

七，忠贤亲属及内官党附者五十余人，另行处置。

对《钦定逆案》到底如何看，历来说法不一。特别是"结交近侍"这个罪名仔细分析起来经不起推敲，魏忠贤连皇帝都可以操纵，顺之者昌，逆之者亡，对于这样权倾天下的九千岁，朝廷能有几个人能洁身自好不去想办法结交呢？这种天下朝廷命官争相巴结一个自宫的废人的畸形政局形成，是谁造成的？当然是皇帝的昏庸、制度的腐朽造成的，但崇祯不能去责备自己的哥哥，熹宗朝政治糜烂的责任只能由魏忠贤和巴结他的大臣来承担。不过，大部分人都认为这是崇祯帝"除恶务尽"的杀手之着，英明之至。在具体操作上，则有不少分歧。有人说太过了，有人却说还有漏网之鱼；有人说某某不应入案，处罚也太重，有人却说不仅该入，而且等级还应提高，处罚更应加重。如此种种，不一而足。