一开始，崇祯重新起用袁崇焕，两人处于蜜月期。袁崇焕在崇祯元年（公元1628年）七月接受皇帝召对时，夸下"五年平辽"的海口。这不但让皇帝欣喜，更让在旁的大臣们惊讶。因为，在当时明朝与后金的对抗中，明军能在辽东抑住后金军队的进攻，已属不易。"五年而辽东外患可平，全辽可复"的豪言壮语，无异梦呓。袁崇焕这么说，据他自己讲，不过是为了"聊慰上意"，暂时宽慰宽慰思宗而已。然而，思宗是一个急于求功、遇事苛刻的主子，到时可是要循名责实的。袁崇焕向崇祯提出三项基本策略，循序渐进，以克竟全功。他上疏还表示，希望皇帝全力信任、支援，不要听信朝臣的妒忌之言。皇帝自然满口答应，还给他蟒袍、玉带与银币，前二者袁崇焕以尚未建功，辞而不受。但很快，袁崇焕在崇祯心中的地位就由红转黑了。

袁崇焕擅杀毛文龙开始令崇祯生疑。毛文龙何许人也？他是明朝正式任命的东江总兵。东江就是鸭绿江近海口的皮岛，和鸭绿江的獐子岛、鹿岛构成鼎足之势，位于辽东、朝鲜、山东登莱二州的中间，号称孔道。天启三年，毛文龙率部攻陷了辽东要地金州，不但打通了水路到登州的粮道，还可和皮岛互为犄角之势，从陆路牵制后金的部队。他也由此功，升任左都督，挂将军印，并拥有了一把尚方宝剑，进一步扩大了他在东江的权力，成为当时辽东牵制后金的一支重要力量。

毛文龙作为封疆大吏，手握重兵，又孤悬海外，飞扬跋扈是难免的，但无论熹宗还是思宗，都对毛文龙十分倚重，并没有过多的责难。这种状况，一直持续到袁崇焕的再度启用。对毛总兵的种种劣迹袁崇焕早有耳闻，这个毛文龙攀附朝中权贵、营私结党，屡屡不听调遣。不仅如此，毛文龙治军不严，公然在军营中蓄养倡优，整个部队军纪涣散，战斗力极弱。更让袁崇焕不能容忍的是，一向虚报部队员额，冒领巨额军饷的毛文龙居然多次以军饷不足来要挟，袁督师杀毛之心渐起。

崇祯二年五月二十九日，在支付了毛文龙十万饷银，平息了毛文龙的不满后不久，袁崇焕亲赴双岛，在那里会见了从皮岛赶来的毛文龙，并于六月三日，检阅了岛上的军队。此时，袁崇焕的杀毛之心未决，他希望毛文龙能够急流勇退。六月四日在毛文龙为袁举办的接风晚宴上，两人的一番谈话颇有些耐人寻味。

袁：久劳边塞，杭州西湖尽有乐地。（告老还乡吧。）

毛：久有此心，但唯我知灭奴孔核，灭了东夷，朝鲜文弱，可袭而有之。（我还年轻。）

袁：朝鲜不勤远略，当有代劳者。（我有代替的人选。）

毛：此处谁代得？（还有谁比我更合适？）

然而，一切都在此后的一天发生了根本的逆转。六月五日，在袁崇焕的营帐中，当着毛文龙的诸多亲信，袁崇焕以杀降人，难民冒功；侵盗军粮，擅开马市；剽掠商船，强娶民女等十二大罪名，用尚方宝剑取了毛文龙的首级，并且收回了毛文龙的将军印和尚方宝剑，同时也吞并了毛文龙的部队。

不能说，袁崇焕杀毛文龙没有道理，毛的桀骜不驯、拥兵自重、不服节制，都有碍于袁崇焕的平辽方略。但是否够得上一个死罪，还有商榷的余地。毕竟，毛文龙守岛有功；毕竟，毛文龙虽然平辽不足，牵敌有余；毕竟，毛文龙还是一位知晓军事的干练统帅。

一位督师用尚方剑杀死了一位同样拥有尚方剑的总兵官，应该算是那个时代的一条爆炸性的新闻。崇祯闻之，"意殊骇念"，也吓了一跳，但事已至此，还能有什么办法呢，他决定坚定地站在袁崇焕的一边。这完全是因为袁崇焕时握重兵，不得已而接受了这个事实，并不是真的从心里谅解了袁崇焕的做法。后来审讯袁崇焕时的罪状之一就是"专戮大帅"，可为明证。

既然，皇帝已经表态了，朝臣们也不敢有什么不同的意见，于是大家都向积极的一面思考。不去想，也不敢去想这是否应该算是一件皇太极想做而不能做到的事。