然而，事情并未就此结束，毛文龙虽然死了，但他的部队在几年之后的登州叛乱中，用令人遗憾的方式证明了他们并不像袁崇焕诬陷毛文龙所说的那样只会冒饷不会打仗。他的两个部将是那次事件的领导者，而且在多年之后依旧活跃在历史的前台，成为明末清初那段历史的重要缔造者，他们就是后来做上了大清定南王、靖南王的孔有德和耿仲明。然而，这一切，袁崇焕都看不到了。

平心而论，袁崇焕在辽东宁远、锦州一线的防卫布置得很好。所以，崇祯二年十月，皇太极率十万大军，避开袁崇焕把守的宁锦防线，绕道察哈尔入长城，攻占遵化，突袭北京。袁崇焕率军急驰入援，拱卫京师。这本不是袁崇焕失职，然而，京城百姓和一些无知官员不懂这些国家政治军事大事，只觉得既然是袁崇焕戍边，敌大军压境，自是袁守疆有过，于是怨声载道，皆指袁崇焕的不是，何况袁崇焕有与敌和议的事实。对辽东局势，当时朝野虽有危机感，却并未真正警醒，始终停留在战事不利始于将帅无能的旧思维方式上，恰恰和议对如此的一个依旧狂妄自大、目中无人的崇祯皇帝来说是最难以启齿的羞耻。

袁崇焕的反应是立即命山海关总兵赵率教增援，然后自己也于十一月初五率兵入关。按照当时总督京城防卫的大学士孙承宗的意见，明军应当拒敌于顺义、蓟州、三河一线，而不应退守通州、昌平。但是，袁崇焕先是没有设法阻截后金军队，接着又退守京城。十一月十六日，袁崇焕的大军到达京师广渠门外。这样，袁崇焕此举无异于纵敌深入，而京城内外的官民因此更受骚扰。一时间，谣言四起，说袁崇焕与后金有密约在先，是故意引后金军队入关的。这也是后来袁崇焕被处死时，遗体被民众"抢食"的原因。

袁将军带领五千人马从宁远赶到京城时，提出"我军人马疲惫，要在城内小憩"的请求，竟被崇祯予以拒绝，最后只得在无多少防御措施的野外与清军决战。此刻的崇祯对袁崇焕的怀疑和不满已呼之欲出。对于清军的步步进逼，崇祯不是从根本上反思自己在治国用人上的失误，反而以此坐实了对袁崇焕的怀疑。但是，思宗真不愧是一个猜忌之主，一方面对袁崇焕有戒备之心，一方面却在召见时脱下貂皮大衣为袁崇焕披上，用温情脉脉的面纱来掩遮自己的猜忌之心。思宗的做法令人想到不久前他除去魏忠贤的心机，真是让人叹为观止。可怜的是，袁崇焕却丝毫没有觉察。二十七日，袁崇焕击退了皇太极的军队，京师外围局势趋于平静。崇祯二年（公元1629年）十二月初一日，思宗在平台召见了袁崇焕、祖大寿、满桂三人，着锦衣卫拿下袁崇焕。于是，在大军压境之时，自己推倒了这堵遏制清军的长城。

因为政治权力的需要，多疑几乎是帝王的通病。但心胸豁达头脑清醒的帝王，能理智区分形势，把握自己。中唐时"天下以其身为安危者殆三十年"的郭子仪，手握重兵，理应是人主疑心的对象。郭子仪的儿子郭暧娶代宗的女儿，一次郭暧和公主"争言"，说了一句"汝倚乃父为天子邪？我父薄天资不为！"在那个年代，这是一句大逆不道的话，凭这一句话，就可制郭家族诛之罪。但代宗对此一笑置之，并不信以为真。郭子仪惶恐谢罪，代宗反而安慰他："鄙言有之：'不痴不聋，不作家翁。'儿女子闺房之言，何足听也！"郭子仪"功盖天下而主不疑"，固然和他自己宽厚勤谨的性格有关，皇帝的豁达宽宏也是一个重要原因。中唐时，皇帝的权利已有所削弱，但代宗、德宗几代帝王还是有着相当的自信，这种自信，使他们的人格相对的完整而健康。而晚明的皇帝，国运减弱，山河破碎的现实，使得他们人格残缺，性格懦弱自卑，而为了掩饰这中懦弱自卑，他们又异常的多疑、猜忌。虚弱、自卑和多疑、猜忌，永远是孪生兄弟！

蛮夷叩关，兵锋直指京城，这是大明皇帝的奇耻大辱。在大明朝，这种事发生了两次，第一次保卫北京的于谦被明英宗杀了，第二次保卫北京的袁崇焕也不得善终，朱家天子的刻薄寡恩可见一斑。