袁崇焕之死的第二个原因，是大臣们的懦弱无能而又忌贤妒能。

天启三年到五年，袁崇焕和负责边事的孙承宗积极筑城守边，"遣将分据锦州、松山、杏山、右屯及大、小凌河，缮城郭居之。自是宁远且为内地，开疆复二百里"，边境形式好转。可是不久，朝廷撤掉孙承宗，接替的高弟"谓关外必不可守，令尽撤锦、右诸城守具，移其将士于关内"。袁崇焕终因职务低于高弟，力争不得，最终"乃撤锦州、右屯、大、小凌河及松山、杏山、塔山守具，尽驱屯兵入关，委弃米粟十余万，而死亡载途，哭声震野，民怨而军益不振"，边事由此转主动为被动，开始恶化。这次撤军不久，清军进逼宁远，"崇焕更刺血为书，激以忠义，为之下拜，将士咸请效死"。而此时，经略使高弟、总兵杨麒拥兵不救，坐看袁崇焕与清军鏖战。天启七年的宁锦大捷，"及叙功，文武增秩赐 者数百人，忠贤子亦封伯，而崇焕止增一秩"。魏忠贤更是生祠满天下，"祀礼如孔子"，而袁崇焕最后默然"罢归"。

最终促使崇祯定下杀袁崇焕的决心的，正是那些在远离战场，拈不动枪拉不动弓的"朝士"们。奸相温体仁是毛文龙的同乡，与毛的交谊很深，早已对袁崇焕忌恨在心，乘机借题发挥，给袁崇焕罗织罪名。清军压境进逼京师时，袁崇焕自以为闻敌入侵后千里赴援，有功无罪，但朝中的官僚们骤闻敌军入侵，便"怨谤纷起"；又因为袁崇焕曾经与后金议和，因而散布谣言，谓袁崇焕纵敌拥兵，引敌胁和，企图使朝廷与后金结城下之盟。一些别有用心的人想利用袁崇焕来整倒内阁辅臣钱龙锡，说钱龙锡与袁崇焕两人早就密议与后金议和。议和，这对于刚愎自用的思宗来说，在当时是不可容忍的。谣言传到崇祯的耳中，引起他的疑惧。

恰在这时候，皇太极施展反间计。第一天，明军在北京城的德胜门外和永定门外，捡了两份议和书，是皇太极写给袁崇焕的。第二天，清军后退五里下寨，并捉了两名明军的太监（明军以太监为监军）。第三天，明朝的两个太监逃跑了。第四天，消息传来，明军督军袁崇焕、总兵祖大寿被捕下狱了。其实，皇太极写给袁崇焕的"议和书"，袁崇焕根本没看到，就被明军捡去，送到了崇祯皇帝那里。于是，明廷上下对袁崇焕产生了怀疑。被清军抓去的两个太监，被软禁起来。夜里，有人还陪同他俩喝酒，酒到半酣，有人来找陪酒的清军官员说有密事。陪酒的人来到帐外，明朝的两位太监不禁去偷听，模模糊糊听到"袁督师已经应允"，"不要让明监军知道"等话。二人大惊，原来袁崇焕通敌了。两位监军逃跑后，向崇祯皇帝密报。崇祯皇帝顿时大怒，把袁崇焕及他手下的亲将祖大寿逮捕下狱。清军的离间，不过是给了崇祯一个体面的借口而已。崇祯疑之在先，"朝士"的嫉妒谗毁进一步推波助澜，清军的离间才最终得以实现。因此，从这一方面说，崇祯君臣是助努尔哈赤夺得天下的真正的恩人。

袁崇焕之死的第三个原因，是他恃才自负的性格。

他只懂得以军功报国，却疏忽了揣测皇帝的心意，他不知道皇帝真正需要的不是能臣、忠臣，而是会揣测他心意的顺臣、佞臣。袁崇焕与清军议和，是"欲藉是修故疆，持愈力"，这一点修明史的清廷的史官们能看清楚，而明朝的君臣们却看不明白。至于袁崇焕杀毛文龙，无论毛有多少该杀的罪状，袁崇焕的做法都极大的刺激了崇祯脆弱的神经，大臣的生杀之权是皇帝的专利，袁崇焕不知道皇上给他尚方剑是摆样子给人看的，不是真的要他使用的。他这一杀，在他自己看来是除掉一个冗员，而在崇祯眼里则成了袁崇焕和朝廷有了二心的证据，最终"磔崇焕于市"。磔刑就是千刀万剐，是一刀一刀从活生生的人身上剐，是极刑中的极刑。更为可悲的是，由于京城老百姓都听信了官方的话，都认为袁公是个内奸。于是，出现了历史上最为悲惨的一幕："遂于镇抚司绑发西市，寸寸脔割之。割肉一块，京师百姓从刽子手争取生啖之。刽子乱扑，百姓以钱争买其肉，顷刻立尽。开腔出其肠胃，百姓群起抢之，得其一节者，和烧酒生啮，血流齿颊间，犹唾地骂不已。拾得其骨者，以刀斧碎磔之，骨肉俱尽，止剩一首，传视九边。"这是一个怎样的悲剧啊！