在历代改朝换姓的时候，亡国之君大都会被后世所骂，崇祯帝是个例外。后世评价他时，大都很同情他。因为，当接力棒交到他手上的时候，他已经无力回天。明末，内有李自成、张献忠等“流寇”，外有后来的江山得主，清朝虎视眈眈。“屋漏偏逢连夜雨”，崇祯帝执政的十几年里旱灾、水灾、蝗灾是一个接着一个发生，把更多的饥民推向了“流寇”那一边。皇朝内部，大臣们各有各的心思，后代历史学家经常感叹崇祯朝“有君而无臣”。不知道是因为没有良臣辅助(崇祯帝在位十七年竟没有一位历史上很知名的朝臣)导致崇祯的悲剧，还是崇祯注定的悲剧淹没了良臣虎将。明朝就在一片吵闹的纷扰之中消亡，崇祯也在众叛亲离后将自己吊死在煤山上。

崇祯在位十七年，一直勤政理事，节俭自律，不近女色，史志称其“鸡鸣而起，夜分不寐，往往焦劳成疾，宫中从无宴乐之事”。如果论起励精图治，崇祯是朱元璋以后明代十六位君主中最突出的一个。正因为这样，后世大都认为明朝灭亡与他无关，他不过是一个悲剧人物。李自成《登极诏》里面也说：“君非甚暗，孤立而炀灶恒多；臣尽行私，比党而公忠绝少。”难道真应了那句“君非亡国之君，臣皆亡国之臣”吗？

崇祯在刚刚登基之后，曾当机立断地除去了魏忠贤与客氏，这是他最为光辉的篇章。

天启七年(1627年)八月二十四日，天启皇帝死后的第三天，朱由检正式即皇帝位，定次年改元崇祯。而此时，魏忠贤以司礼监秉笔太监提督东厂。魏忠贤的亲信田尔耕为锦衣卫提督、崔呈秀为兵部尚书，两人分掌朝廷内外两大兵权。朝廷内外自内阁、六部乃至四方总督、巡抚，遍布魏忠贤的死党。在这样的情况下，崇祯处在恐惧和压抑之中。

崇祯是在八月二十三日入宫的，当天晚上没敢睡觉，因为他害怕有人会谋害他。他取来巡视宦官身上的佩剑防身，不敢吃宫中的食物，只吃袖中私藏的麦饼。在这样的氛围中，崇祯没有办法沉浸在君临天下的喜悦中，而只能考虑如何稳固自己的位置并保证自己的安全。他登基之后作的第一个决定就是：除去魏忠贤。他要怎样开始这个大计划呢？

崇祯知道，凭他现在的势力，根本无法除去魏忠贤。因此，他需要把拳头藏起来，用笑脸相迎。在最初对待魏忠贤的态度上，崇祯和哥哥朱由校一样优待对之，还不断地嘉奖魏忠贤、王体乾、崔呈秀等人。而另一方面，他将自己原来王爷府中的侍奉宦官和宫女逐渐带到了宫中，以保证自己人身安全。与此同时，崇祯在逐步地削弱魏忠贤的影响力，并以此向朝臣发出信号。

魏忠贤一次给皇帝上了一道《久抱建祠之愧疏》，向崇祯请求停止为他建造生祠的活动。当时各地官员，为了巴结魏忠贤，纷纷在属地为其兴建生祠，以表达对魏忠贤的尊重之情。崇祯读了这篇奏折，批复道：“以后各处生祠，其欲举未行者，概行停止。”借着这道折子的坡，崇祯下驴了。在看似“顺从”魏忠贤意愿的背后，崇祯抑止了朝野上下对魏忠贤的进一步崇拜，同时向朝臣发出信号：清算的时候到了。

天启七年十月十三日，御史杨维垣上疏弹劾崔呈秀：“呈秀毫无益于厂臣(魏忠贤)，而且若为厂臣累。盖厂臣公而呈秀私，厂臣不爱钱而呈秀贪，厂臣尚知为国为民，而呈秀惟知恃权纳贿。”意思是：所有的坏事都是崔呈秀做的，而魏忠贤是天底下最好的人。这显然是丢车保帅之策，把所有问题都让崔呈秀来扛。时任兵部尚书的崔呈秀在魏忠贤党羽中很有分量，是魏忠贤门下“五虎”之一、得力干将。这次崇祯有便宜照捡，准奏，免除崔呈秀的兵部尚书一职，令他回乡守制。

停生祠，免呈秀，两记杀威棒一出，这下朝廷中的大臣们就摸准了风向，揭发和弹劾魏忠贤的奏疏开始接二连三地出现。但不是有人弹劾就可以下手了，崇祯选择了继续等待，他在等待魏忠贤下一步的动作。魏忠贤还是上钩了，迫于舆论压力，他主动请求“引疾辞爵”，崇祯照准。在削掉魏忠贤官职之后，崇祯派魏忠贤到中都凤阳祖陵司香，这正是崇祯的杀招所在。

名为司香，实际上是将魏忠贤从权利中心赶走，一旦离开了京都，魏忠贤就是孤军奋战，失去了党羽们对他的有力支持。魏忠贤失去党羽的掩护和帮助，捉拿他的事情才可以一击即中。魏忠贤前脚走，崇祯就命锦衣卫旗校将魏忠贤缉拿回京。十一月六日，在阜城县(今河北阜城)南关的旅舍中，魏忠贤孤零零地待在旅馆里，锦衣卫捉拿到此，魏忠贤自缢而亡。