由于日本政府在这个问题上的官方立场，因而人们不能说神道教是个庞大的“国教会”，只可以说它是个庞大的机关。它拥有十一万多座神社，从专门祭祀伊势主神的神社、到祭祀太阳神的寺庙，甚至到一些地方专为特别祭典准备的小神社应有尽有。与全国性政府行政系统一样，供奉的神灵也存在等级结构，从最低层的神灵到各镇、市和府、县的神灵，直到最高层被尊为“阁下”的神灵府邸。与其说供奉这些神官的目的是为了让人们保持一种信仰，还不如说是为了让人们举行仪式、进行祭祀。国家神道教的仪式和我们平常到教堂去做的礼拜不一样。因为它不是宗教，法律上禁止国家神道教的神职人员宣讲教义，因而也就不可能有西方人所了解的那种礼拜仪式。相反，在众多的祭祀日子里，各个镇、村的正式代表都来参拜神社。他们都站在神官面前，然后神官就举起一根扎着麻绳和纸条的竿子，在他们头上来回地舞动，为他们洁身祛邪。随后，神官就打开神庙弄堂的内门，扯开嗓子大声召唤众神来享用供品。神官不停地祷告，参拜者们则按身份辈分排列，毕恭毕敬地一一献上被视为神圣物的小树枝，树枝上还吊着几根细长的纸条。然后，神官再次尖声大叫地送走众神，再关上神庙弄堂的大门。在神道教特别的大祭日里，天皇会亲自为国民致祭，政府各部门也休假一天。和地方神社的祭祀和佛教的祭祀日不一样，国家神道教的假日不是老百姓祭祀的节日。前两者都属于国家可以“放任自由”的领域，而国家神道教却是政府必须牢牢控制的范畴。

在那些比较自由的领域，日本人按照自己的想法进行了各种祭祀活动。目前在日本，佛教仍拥有最多的信徒，其中各个教派的教义和先知还有所不同，宗教活动甚是活跃。即便是神道教，在国家神道教之外，也存在不少教派。有些神道教教派极端推崇民族主义，早在二十世纪三十年代日本政府还没有采取民族主义政策的时候，他们就大肆宣扬民族主义的思想了。另有一些教派把自己比作“基督教科学”，主要侧重于修身养性。还有一些派别信奉儒家思想和教义。甚至有一些教派只专门从事神灵显圣和参拜圣山神社活动。老百姓的祭祀节日多数都不是国家神道教的节日。在这种祭祀日子里，老百姓都蜂拥而至地跑到神庙。每个人都漱口祛邪，然后打铃、击掌召唤神灵的降临。接着，他们恭恭敬敬地一个个依次行礼，礼毕后再次打铃、击掌送回众神。然后，离开神殿前，他们再进行这一天最主要的活动：这就是在小摊贩上购买各种珍品玩物，看相扑、驱魔术以及有小丑插科打诨的舞蹈。对于日本社会中这种比较自由的部分，一位曾在日本久居的英国人引用诗人威廉姆·布莱克的诗说：

如果教堂赐我们几杯烈酒，

再点燃那灵魂的欢乐之火，

我们将终日唱诗祈祷，

绝不会诅咒教堂堕落。

除了极少数献身于宗教的专职神职人员以外，宗教对大多数日本人来说都不是特别枯燥无味的事。日本人甚至有祭祀朝拜的嗜好，在休闲娱乐的节假日更是如此。

因而，明治政府很清楚的区分开了在哪些是国家在政治中的职权范围以及哪些是国家神道在宗教中的职权范围。至于在其他领域，人民则享有充分的自由。但需要控制的一点是：当政府领导人发觉其他领域中的某些做法已经危及了其政权统治的合法性时，政府必须有能力进行干涉和制止。在创建陆海军时，他们就遇到了类似的问题。像其他领域一样，明治政府在军队中也废除了旧式的等级制，而且比在老百姓中废除得更加彻底。在军队中他们甚至废除了日本人的敬语，虽然实际上一些旧的习惯仍然存在。另外，军官的晋升不是看家庭出身，而是看个人的实际能力，这种政策执行的彻底程度在其他领域是少见的。正是如此，军队在日本人中才享有极高的声誉，而且这种声誉是当之无愧的。这确实是一种使新军队赢得民心的最好办法。另外加之军队的排、连都驻扎在同一地区，在和平时期士兵服兵役的地方大都离家不远，这不仅意味着士兵与地方政府有了某种联系，而且更为重要的是它表明：在军队服役的两年期间，军官和士兵的关系、老兵和新兵的关系已经大大代表了武士与农民或是穷人与富人的关系。在很大程度上来讲，军队在许多方面更像是一个民主的实体，是真正的人民子弟兵。在大多数国家中，军队往往都是维持现状的工具，而在日本，军队却对小农阶级有着天然的感情，因而在无数次反抗金融巨头和产业巨头的斗争中，军队都是站在农民一边的。

日本政治家们当初在建立军队的时候并没有想到会有这样的后果，他们所采取的一切确保军队在等级制中的最高地位的措施也不是希望军队参与类似的反抗事件。因而，他们在权力高层的安排上采取了一系列的措施。虽然这些措施并没有写入宪法，但现在公认的惯例就是陆海军大臣不能兼任外务及内政各部大臣。与外务及内政各部大臣不同，陆海军统帅有权直接面见天皇，可以不用事先与内阁成员协商，直接以天皇的名义采取强制性的措施。对自己不信任的内阁，他们还可以通过拒绝委派陆海军将领入阁的方法阻止它的成立。若没有这么高的现役军官担任陆海军大臣，任何内阁都是无法组成的，因为文官或退役军官是不能担任此职的。同样，对于内阁的任何行动，如果军部有任何不满，只需召回他们在内阁中的代表就会迫使内阁倒台。在军部决策的最高层，军部首脑是绝不容许任何人干涉他的决定的。如果还需要进一步的保证，那么可以从宪法中找到一条规定，即如果议会否决政府所提的财政预案的话，前一年度的预算方案将自动执行。最明显的一个例子就是虽然外交部一再保证，但关东军还是以武力占领了满洲。这充分说明当军部首脑意见与内阁不一致时，军队可以在政府未作出决定之前就采取行动。正如和在其他领域一样，军部行动所导致的一切后果统统由日本国民来承担，这并不是说他们非常赞成军部的意见，而是由于军队在这些问题上享有特权，而日本的文化不允许国民对特权提出任何疑义。