早在李烈钧宣布独立前，北洋军便已开始向南方各省渗透。1912年秋，一小部分北洋军队应湖北都督黎元洪之邀陆续进入湖北境内；1913年5月中旬后，南北对立之势日益明显，北洋军也开始大批南下，到5月底，驻扎在湖北的北洋军已经超过2万人。

袁世凯的战略计划并不复杂：北洋军沿着京汉线和津浦线两路分进，一路以湖北为基地，进攻江西和湖南；另一路以徐州为前沿，并以海军策应沿岸，向安徽和江苏进军。在李烈钧于湖口宣布独立后，北洋军第一军各部在李纯及王占元的率领下沿着京汉铁路南下，很快便进抵江西九江；与此同时，冯国璋、雷震春、张勋等部也沿着津浦路进兵，向南京逼近。

一年前，黄兴在南京留守处裁撤整编南方革命军的时候特别留了个心眼，他在将那些兵员素质不高的队伍加以裁撤的同时，却秘密吸收了其中的中下级军官充实到另一支部队，这就是第八师。第八师的基本部队来自于广西新军（原本是会集南京准备参加北伐的），在整编后，该师的干部队伍异常强大，从师旅长到营连长，基本都是由保定军官学校毕业或者从日本士官学校回来的同盟会员所组成；另外，该师的武器也很充足，不但充分装备了现部队，还有一份预存在军械库。

第八师是在黄兴的领导下所精心保留下来的一支精锐部队，但因为整编的缘故，中上层军官之间不甚团结，譬如当时黄兴将他的警卫团划给了第八师，但由于团长林虎所率的部队来自广东，与部队中的广西士兵及军官发生矛盾，这个团后来便被调到了江西（林虎与李烈钧是日本士官学校的同学），成为江西战场上与北洋军作战的主要力量。与林虎情况类似的是，第八师的旅长赵恒惕也因军中矛盾而将其中的一个团带到了湖南（这支部队在“二次革命”中基本没有起到什么作用）。

北洋军李纯部在进入江西后，首先与讨袁军前锋林虎所部发生激战，数日后，讨袁军初战告捷并迫使北洋军暂时后撤。李纯受挫后调集后续兵力反扑并攻陷湖口，李烈钧率讨袁军余部退守吴城，随后又退守南昌。由于双方实力相差悬殊，李烈钧在北洋军的围攻之下，只好退出南昌并解散剩余部队，最终与林虎等人秘密流亡日本。

此时，第二军的冯国璋、张勋、雷震春等部也进入江苏并摆开合围南京的架势。黄兴得讯后，随即令驻徐州的冷遹第三师向邻近的北洋驻军发起进攻，又令第八师骑兵团及机关枪连、炮兵营、工兵营组成混合支队，开赴徐州前线支援第三师，第一师第1旅也随后跟进；第一师第 2旅开赴临淮关，协助安徽讨袁军协防北洋军倪嗣冲部；第一师和第八师的其余部队，暂时驻防南京。

冷遹所部在北洋军的优势兵力紧逼下，不久即撤出徐州。讨袁军中的高级将领们斗志十分消沉，坐镇南京的黄兴也是一筹莫展，整个司令部充满了悲哀失败的情绪。这时，逃到上海的原江苏都督程德全发布取消江苏独立的电报，并密令捉拿黄兴。在此情况下，黄兴觉得事无可为，便在夜间乘船离开南京，一走了之。

黄兴从南京不声不响地出走后，其他高级将领洪承点、冷遹等也当即出走，局势陷入了混乱。而在这时，革命阵营中的激烈派何海鸣、张尧卿、韩恢等人建立了“铁血监视团”，他们在得知黄兴离开南京后，急忙从上海星夜赶来，试图挽回颓势。如同武昌起义，在高级将领缺位的情况下，革命士兵再一次主动站了出来。在何海鸣等人的鼓动下，第一师的士兵赶走师长陈之骥（同盟会员，冯国璋之女婿），并与第八师联合起来占领了都督府，再次宣布独立。

此时，张勋部前锋已经抵达南京城外，尽管此时城内何海鸣领导的“讨袁军”连师长都无法选出，但革命士兵的战斗自觉性仍旧非常之高，他们每天都在街上站岗巡视，敌人一发起进攻，他们无须号令便奋身前往；即使在阵前，他们也无须指挥，便向前攻击。这些士兵，便是黄兴任南京留守处改编的第八师所残存的部队，而临时领袖何海鸣也是位革命精神很强的人，他将军中怀有异心的军官一律剪除，颇似当年法国大革命时罗伯斯庇尔的风格。