孙中山认为，日本明治维新的成功，不但是亚洲人的骄傲，也是中国革命成功的先导：亚洲今日因为有了强盛的日本，故世界上的白种人不但是不敢轻视日本人，并且不敢轻视亚洲人。所以日本强盛之后，不但是大和民族可以享受头等民族的尊荣，就是其他亚洲人也可以抬高国际的地位。因为日本能够强盛，故亚洲各国便生出无穷的希望。在孙中山看来，中国与日本命运相关：“日本维新是中国革命的第一步，中国革命是日本明治维新的第二步，中国革命同日本明治维新实在是一个意义。”尽管这种将中国与日本的政治变革纠缠在一起的思路在逻辑上令人费解，但中日联合共谋亚洲复兴的思想几乎贯穿了孙中山的一生。

孙中山得到了日本人的推崇。

被孙中山称为“人生得一知己”的日本民党领袖犬养毅是他的崇拜者之一。犬养毅不但佩服孙中山关于中国革命与日本革命关系的论述，而且认为孙中山亿万黄金也买不动的共和决心完全具备了革命领袖的风范。他曾问孙中山除了革命之外还喜欢什么，孙中山的回答是女人和书。犬养毅对这个回答佩服得五体投地，他认为一个把女人放在书之前的人，能够克制对女人的喜爱而忘我地读书，必定是绝世雄才。

与日本人士一起，孙中山实践着向亚洲其他国家输出革命的理想。当菲律宾独立军决定举行武装起义的时候，强烈地推崇亚洲黄种人联合起来的梅屋庄吉深入菲律宾与独立军首领建立了联系，而且还介绍独立军的联系人到日本拜会孙中山和宫崎寅藏。当即，孙中山允诺可以动员三万人从广东赴菲律宾参加武装起义。孙中山的激情除了来自大亚洲革命的理念之外，他还认为一旦菲律宾革命成功，就可以借助那里的起义力量杀回来攻陷广东。菲律宾独立军给了孙中山十万元，作为筹集人员和武器的经费，这是兴中会得到的第一笔巨款，立即被派上了大用场：在香港创办兴中会机关报，建立接待会党成员的机构，购买枪支策动新的武装起义等等。孙中山告诉密友宫崎寅藏：“菲岛再举的准备已经完成，惟因前事而受日本政府严格监视，所以不知何时始能运出武器，因此当地委员同意我们使用这些武器。大义没有先后，我们当唤起风云大兴义军，以实现宿昔的希望。我事若能成功，菲岛之独立，自属易如反掌。”

酝酿国内的武装起义，这一行动在孙中山到达日本之前已经启动，组织者是陈少白。陈少白根据兴中会“联络会党，召集旧人”的指示，参加了广东嘉应和平县的三合会，被封为三个重要的首领之一——“白扇”，即军师。在陈少白的联络下，一九○○年二月，哥老会堂主、三合会首领和兴中会领袖在香港齐聚一堂，这是兴中会与中国南方著名民间会党的前所未有的联合。会议宣布成立联合组织“兴汉会”，推举孙中山为总会长——“在今日之世，如果不通外间情势而乱揭竿而起，可能贻不测之祸于百年之后，而我辈之中无一人能通外间情势者。因此尤其寄望于孙君。”兴汉会定纲领为：驱除鞑虏，恢复中华，创立合众政府。歃血起誓后，陈少白被封为“龙头之龙头”，意思是军事总指挥。

在日本的孙中山开始全力筹集军火，同时准备动身前往越南西贡指挥起义。就在这时，陈少白突然来信说，香港总督卜力和一位名叫何启的香港立法院议员表示，有意撮合孙中山与李鸿章合作，共同分割大清帝国南方两省的地盘。

据宫崎寅藏回忆，孙中山得知这一消息后心情复杂：翌晨还没睡醒时，孙君来把我叫醒，并把我带到另外一室说：“现在有一个问题，我想听听你的意见。”他更小声地说：“前些日子，我友（何启）和香港太守密会商议一件事。太守之意要李鸿章以两广为根据地宣布独立（李鸿章时任两广总督），用我行新政，他（香港太守）将暗中为其保护者以策无事。他以此事说服李，李也为了年老后的纪念赞成此事，惟拳匪之乱渐盛，京廷促李急切北上。李不堪其情，将于今日北上。但太守欲扼此处，以阻其行，并约定于今日十一时与李密会。李若停止其行，太守将解除保安条例，拟令我登陆，与之密谈，昨日深夜派人来问，我是否有意上岸参加密谈，并问我对于此事的意见如何。”无法得知孙中山据何判断李鸿章会为“年老后的纪念”而拿自己的位尊权重与荣华富贵去冒险。有资料显示，此事绝不是李鸿章的主动，而是兴中会员陈少白和香港立法院议员何启的密谋。陈少白和何启的最初设想是：外国联军攻打北京，朝廷要求北上勤王，但南方的封疆大吏们均按兵不动。因此，有理由寻求革命党人与李鸿章的联合，由李鸿章向朝廷宣布两广独立，然后孙中山率革命党人进入两广地区。陈少白写信征询孙中山的意见，得到首肯。于是，陈少白致信香港总督，言“两广盗匪遍地，人心惶惶，若听李鸿章离开广州而北上，则两广必危，后患不堪设想。香港密迩两广，必受莫大之影响。体察大势，应请转劝李鸿章停止北上。际此中央无王，正宜讽其据两广，宜宣告独立以维治安”。信的落款人是：孙逸仙、杨衢云、陈少白、谢瓒泰、郑士良、邓荫南、史坚如等。陈少白还请求英国人帮助他们在两广地区建立新的政权，至于信中开列的新政权的样式和执政方针则十分简陋：成立中央政府、各省成立自治政府、权力属于全社会、增加文武官吏的俸禄、制定合理的宪法和律法，将科举变成“专门之学”。即便如此，香港总督也认为这一举动符合英国的利益。于是他写信给即将奉旨北上议和的李鸿章，承诺如果他能够毅然宣布两广独立，香港总督不但可以相机协助，而且还可以联合各国领事一致支持。

因为有过上书李鸿章失败的教训，孙中山对李鸿章能否合作将信将疑，他依旧在积极地筹备武装起义——无论与李鸿章的联合是否成功，分割大清帝国的一部分、建立一个共和国的目的在孙中山心里始终没有丝毫动摇。

一九○○年七月十六日，孙中山乘日轮“佐渡丸”号再次抵达香港附近海面，但被通知不准登岸。就在孙中山焦急地在海面上等待的时候，李鸿章的“平安”号轮船自广州抵达香港。他与香港总督卜力交谈甚欢，但谈话并没有一句涉及孙中山。又过了一天，李鸿章的豪华船队从香港启程，两广总督要为陷入巨祸中的朝廷和太后分忧解难去了。

孙中山立即召开军事会议，策划即将发动的武装起义。