难以置信的是，此时的孙中山没有一兵一卒，他的面前只有一张广东省地图和陈少白等起义策划者，当然还少不了那几位日本人：宫崎寅藏、清藤幸七郎、原桢、平山周和福本诚。

孙中山的部署是：郑士良负责在广东惠州归善县三洲田现场指挥；日本人福本诚在香港主持筹备工作；陈少白和杨衢云负责饷械接济；毕永年奔赴长江流域联络会党；自己则回日本然后南下台湾，待起义发动后设法潜入内地指挥。福本诚认为应该一不做二不休，大家秘密在香港上岸后，潜入内地直接发动起义，以迅雷不及掩耳之势一举拿下广州城。这个建议遭到孙中山的反对，他认为这样做无异飞蛾扑火。

孙中山策划的起义具体实施办法是：郑士良在三洲田率领起义军向西北方向前进，会合新安、虎门一带的三千多绿林好汉直趋广州；史坚如在广州接应并牵制清军；孙中山从台湾内渡，亲临现场指挥作战，军火则由台湾通过海运接济。

九月二十八日，孙中山抵达台湾。

此时的台湾在日本人的统治之下。孙中山抵达后，受到日本驻台总督儿玉源太郎的热情接待。儿玉源太郎表示全力支持武装起义，孙中山立即在台湾建立了军事指挥中心。

没有落入英国人圈套的孙中山，此时已经落入了日本人的圈套。

大清帝国岌岌可危，列强们都有瓜分中国的企图，其中以日本人的心情最为迫切，这是儿玉源太郎支持孙中山的根本原因。

这似乎是一个悖论：为推翻大清帝国的统治，孙中山必须使用最暴力的手段，使存在于他的祖国的现政权四分五裂；而围绕在他身边的那些外国人，同样盼望着大清帝国变成一个四分五裂的国家，然后分而据之——两者因为在推翻大清帝国现政权的目标上一致，于是此时颇为怪异地联合在了一起。

历史就是这样令人百感交集。

负责军事指挥的郑士良很快陷入两难的境地：惠州起义的武装人员，大多是绿林会党的乌合之众，谈不上任何纪律与约束。数百人聚集山林等待起义的命令，粮食供应首先成了问题。郑士良被迫让他们分散居住并注意保密，可大批绿林好汉聚集在一起，旗帜招展，刀枪挥舞，哪有密可保？很快，新任两广总督德寿得到了情报，他立即派遣水陆两军前往镇压阻截。郑士良急电请示，孙中山回电称，枪支弹药的筹备工作还没完成，建议暂时解散众人。郑士良知道，一旦宣布解散，再度集合起来的可能微乎其微。他又致电孙中山，建议由他率领起义军向沿海东岸靠近，以便尽快接收海运来的枪械物资，同时也便于与从台湾潜回内地的孙中山会合——这个建议，使原定起义开始后向西进发与新安、虎门一带的绿林好汉会合的计划，在起义还没开始的时候就改变了。

即便如此，起义已经成为事实，因为香港的《士蔑西报》刊登了归善县会党的起义宣言。这个宣言的有趣之处在于，会党们首先声明他们不是拳匪义和团，而是大政治家领导的大会党；他们在宗旨上也与义和团完全不同，义和团是“扶清灭洋”而他们则是“靠洋灭清”；他们不是要一个新朝廷和一个新皇帝，而是要建立一个民权政府。至少从宣言的措辞上看，确与中国历史上的各种民间会党大有不同：某等并非义和团党，乃大政治家大会党耳。即所谓义兴会、天地会、三合会也。我等在家在外之华人，俱欲发誓驱除满洲政府，独立民权政体。我等在美洲夏威夷澳洲实得力，暹罗越南荷属群岛等处之有材会友，专候号约期举事。我等本为欲兴中国之人，若将来成功设立更革之事，开通中国，与世界通商。我等不恤流血，因天命所在，凡有国政大变必须以贵重之代价博取之。古史所载之事，行将复见于今日。我等欲造成三百年前所未竟之志……孙中山的回复还没有到达，位于三洲田的起义军敢死队袭击了驻守沙湾的清军水师提督指挥的前哨部队。时间是一九○○年十月六日，史称“惠州起义”的武装暴动就这样仓促地开始了。

沙湾的清军不知来了多少造反者，在被打死四十多人、被捉三十多人后仓皇撤退。清军确实惊慌失措，因为他们从当地村民那里听说，这伙“红头贼”是一群对清军和官吏皆杀无赦的凶狠土匪。

村民廖毓秀那年十五岁，他看见的暴动首领郑士良是个“面庞方中带圆、双眉硬直”的青年，而另一个名叫黄远香的起义首领“面黑而麻”。起义军在闰八月十三那天晚上祭旗的时候，廖毓秀看见“岭冈顶上竖起了大旗，刀光剑影，闪闪夺目。黄远香红布包头，身上挂着大红绣球，威风凛凛，前后约有六七百人簇拥着他”。几乎所有的村民都记得，起义军官兵一律红布包头，首领无一例外地身挂一只大红绣球。村民杨衍秀看见的另一名起义首领天子祥，“头插雉鸡尾，胸挂绣球，很像做戏的打扮。红头军一律头缠红布，腰缠红带，裤头插着一支红旗子，裤脚一边卷高，一边放低，十分神气”。红头军打起仗来气势很大。旗帜一摆，蜂拥冲下山坳，枪声砰砰地响着，捉到军官模样的清军，大刀一闪便砍下了脑袋。