清廷改革官制目的有三：

一、加强中央集权。应该说，有效的中央集权是进行变革的前提。作为一个帝制国家，中央行政权力之一统并没有太大问题，问题是大清帝国不堪回首的历史实在特殊：自太平天国起义以来，由于满族清军的羸弱，地方汉人军队不断组建，比如曾国藩的湘军以及李鸿章的淮军，结果是严重地削弱了以满族贵族为核心的中央权力。加之洋务运动所带来的近代经济的崛起，大清帝国各省督抚的权势与财力不断扩张。一九○○年，庚子事变中，南方各省的封疆大吏公开宣布皇帝的圣旨是“乱命”，拒绝北上勤王并声称自己要“东南互保”，结果眼看着外国联军打进京城清廷被迫逃亡。此乃一个国家南北迥异的罕见怪相，足以说明清廷一统权力的失效。为了加强中央集权，实现行政统一，必须通过官制改革削减地方督抚的权力，尤其是军权和财权，以弥补权威合法性的流失所带来的危机，提高中央枢要对国家变革的控制力。经验证明，当一个政权必须进行政体变革的时候，一旦中央权威受到挑战或缺乏掌控力，其执政权很可能在变革成功之前就先垮掉了。

二、保障政府规范运作。大清帝国流弊日多的官场规则相沿甚久，除了通行于全国官场的贪污腐败之外，仅官制制度的弊端就足以令人担忧：一是权限不分，特别是行政官员同时兼有立法权和司法权，也就是说他们既是立法者又是执法者，从而导致官吏徇私枉法的行为无人监督，导致严重侵害民众利益的事件接连不断。二是职任不明，官场内既有官吏身兼数职，也有数位官吏共任一职，结果导致机构臃肿，人浮于事，敷衍推诿。三是职权残缺混乱。吏部是发布任命书的机构，却没有官吏考察权和任命权；户部连统计权都没有，实际上只是个出纳机构；兵部只管官吏兵籍和武职的升转，却没有统辖军队的权力；更重要的是中枢权力部门，管理者不能说少，可是职责不清导致相互掣肘，严重妨害了职能的有效履行；另外，一些闲散的衙门，从设置的那天起就没有实际用处，却养着大量级别甚高的官员，耗费了政府的大量财力。

三、建立与经济发展匹配的政治运行机制。经济条件是政治变革最为重要的环境因素。自洋务运动兴起以来，中国自给自足的封建经济被悄然改变。特别是太平天国起义结束后，权力日增的地方督抚们纷纷热衷于发展近代军事和民用工业。尽管这种工业化进程带有明显的官僚主导的特质，但终究是形成了近代经济发展的不可逆转的雏形。近几十年来，面对这种新的经济状况，清廷从来没有积极地在政治上出台应对政策，更没有积极地建立与之相应的管理机制，这种被动除了导致中央集权受到削弱之外，另外一个更为严重的后果就是中央财政的日渐枯竭。为了适应经济发展，增加财政收入，支持并管理诸如邮电、电报、交通、运输等实业，中央政府必须建立与新型经济样式相匹配的行政运行机制。如果依然维持现状，不要说革命党人的武装暴动，就是不可阻挡的经济浪潮，也足以把大清帝国业已松散的旧体制冲垮。

但是，官制改革，或者称为行政改革，又是政体变革中最难进行的。因为它意味着权力的再分配，不可避免地直接影响到庞大官僚体制中每一个人，必然会严重损害相当一部分官员的既得利益。从这个意义上讲，官制改革就是大清帝国那些开明的执政者、那些试图让国家向宪政制度迈进的执政者冒着也许会威胁自身利益和前途的风险而先拿自己开刀。

如何进行官制改革，端方和戴鸿慈的奏折影响甚大。

两位大臣在奏折中提出了八项建议：一、建立责任内阁制，“以求中央行政之统一”。所谓责任内阁，即由“首相及各部之国务大臣，组成一合议之政府”，国家的一切施政措施，“由阁臣全体议定”，如果偶有缺失，“则阁臣全体同负其责”。二、明确中央与地方各自的权限，以理顺国家行政运作的通道。即“明定职权，划分限制，以某项属之各部，虽疆吏亦必奉行；以某项属之督抚，虽部臣不能掺越。如此，则部臣疆吏于其权限内应行之事，无所用其推诿；于其权限外侵轶之事，无所施其阻挠”。三、各行政机构应设辅佐官，而中央各部决策权当归一人，以强化行政效率。目前的政府各部，既有尚书又有侍郎，两者“职处平等”，结果是决策与辅佐的效能皆不具备。行政部门主管林立，貌似谁都可以施政，实际谁也可以不管，此乃官制的最大弊端，即“绝无分劳赴功之效，唯有推诿牵掣之能”。四、中央各部裁掉多余的官吏，归并职能重叠的部门。大清国原有吏、户、礼、兵、刑、工六部，“惟户、刑、兵三部最为切要”。新政实施后又增设外、商、警、学四部，政体似乎更加完备，但仍有“冗而无当”之嫌。建议设、改、并为内务部、财政部、外务部、军部、法部、学务部、商部、交通部、殖务部，此九部为国家最高行政官署。五、进行地方官制改革。目前各省官制“未臻妥洽”的原因是：“官署之阶级太多，辅佐之职分不备，地方之自治不修”。只有官治而无自治，各级官吏层层叠叠，政事民情多费周折才能被政府获悉，因此亟需裁制。而地方司法与行政分立，既可养成民众的自治精神，又是未来国家实行宪政的基础。六、地方官员不能兼任诸如司法和税收等部门的官职。“司法与行政两权分峙独立，不容相混，此世界近六百余年来之公理”。行政官员管理地方事务，“迁就瞻徇，势所难免”，往往会导致以行政之名损害法律的公平。所以，行政与司法两职决不能“相兼”。七、内外衙署都要设立书记官以取代吏胥。吏胥，没有品级的公务人员，长时间地盘踞在衙门内，“因熟于例文藉以自固”，同时又难免枉法循私“致偾国事”。八、更定官员的任用、升转、惩戒、俸给、恩赏的法规以及官吏体制。旧制下的官吏，或科举或捐纳或保举，科举虽为“正途”但“所学皆非所用”，捐纳更使各色人等进入官场。今日科举捐纳都已取消，有志于为政的人“茫然莫知所适”，因此亟需制定新官制以使有“治事之能”的人为国家所用，同时又能“以各项恩惩法规使为官者勤事澄肃”。