然而抗战开始后，他的态度有了变化。1941年11月，李金发来到陪都重庆，再度进入外交部工作，期间出使“两伊”，直到1950年，时局发生翻天覆地的变化，国民党政府败退台湾，驻伊拉克使馆虽暂未撤销，但“外交部”另派人挤掉了他的位置。由于儿子正在美国读书，经过反复考虑，在观望了近一年后，李金发于1951年偕妻离开生活了5年的巴格达，移居美国。先在新泽西州养鸡，破产后又开服装店，穷困潦倒地度过了余生。