年初，王子云为团长的西北艺术考察团在重庆举行敦煌艺术展览会，引起轰动。这导致毕业生董希文、卢是、李浴、段文杰、凌春德、李承仙等先后奔赴敦煌，参加常书鸿为所长的研究所工作。

7月，吕凤子辞职，随后用邓白的说法：“正在这艰危动乱的时候，教育部对陈之佛先生施加压力，强迫他出任国立艺专校长。使这位纯厚的学者经受了一场严峻的考验。”

陈本非好事之徒，如何肯上钩？

说起来，这中间还有段故事。陈之佛素不愿意涉足行政工作，无奈经不住教育部长陈立夫一再劝说，于是借口回去考虑考虑再作答复。当时陈之佛与傅抱石来往较多，就找他商量如何方能推辞。傅抱石说，不妨提出苛刻的条件，不答应正好推掉。于是两人经过商议，提出3个他们认为教育部难以解决的要求：迁校到重庆沙坪坝磐溪，增加经费，改艺专为学院。不料陈立夫竟一口答应，7月份发来聘书。陈之佛骑虎难下，只好走马上任。

所以才有了又一次搬迁，看起来，这像是仅仅为了陈之佛本人的方便，因为磐溪就在沙坪坝对面。借用了龙脊山麓的果家园，学校本部就设在那个叫“黑院墙”的大四合院，正房作礼堂和图书馆，另外在半山坡刨出一块平地，盖几栋草房作为教室与食堂。

当年的学生孙鼎铭后来回忆，大家称“粗竹扎架，竹篾编墙，抹泥刷灰，稻草盖顶，再按明瓦”而成的素描画室为“抗战画室”。

素描老师张宗禹先生深厚的轻声细语不时被试炮声打断。足证“抗战教室”名实相符。靶场跟画室相距多远呢？不远，只隔一层竹篾泥巴墙。其实，画室就搭在靶场上。不过炮弹从不打中教室，炮弹落地也不开花。试炮用的是空心弹。起初有点紧张，炮弹从高空栽下，钻进黄土地“卟”“卟”有声，近在咫尺。万一瞄准出现误差，稻草顶当然挡不了驾，全班24颗脑袋说不定哪颗挨砸。李林说：“放心，别担忧。兵工厂就归咱们班小张爸爸管。他送儿子来这儿学画，不就是给咱上了保险。放炮的哪敢疏忽。”于是大家跟小张开玩笑，要他转告兵工厂“炮下留情”。有一天小张没来上课（他不住校），李林悄声跟我说：“今天可得当心！一定是试炮的换了新手，炮打不准，所以小张不来啦。不够义气，也不打招呼。”说完就去画他的素描，李林开玩笑有“言若非是，说是若非”的俳优之风，往往让人真假难辨。画画中间想松懈一下的时候，就跳到山坡捡迫击炮空弹壳玩。晚饭之后更是大胆地去捡。已考据不出是哪位聪明的同学第一个将弹壳倒过来变成漂亮的花瓶。不久只要信步课堂、寝室，到处可见摆着的炮弹壳花瓶，也有炮弹笔筒。

当时日常生活相当艰苦，大家管吃的叫“八宝饭”（霉米里面有谷子、纰子、砂子等杂物），早餐一碗咸菜，中晚餐三碗素菜而已。至于绘画材料，像颜料、木炭纸等都只能靠代用品。当年学生徐焕如回忆他参加勤工俭学：给沙坪坝消费合作社画广告、图表，还到邻近田野上一座暴露在地面上的汉墓中去，拓墓室壁上的石刻，由吕霞光老师托他在法国大使馆工作的妻子卖给同事，以得到一些收入，作为购买绘画材料的费用。

陈之佛请好友丰子恺出任教务长，由傅抱石任校长秘书兼中国画史、画论教授，黄君璧任国画科主任，王道平任应用美术科主任，秦宣夫任西画科主任，实力也还雄厚，艺专旧班底则所剩无几。

这时校内矛盾与前些年合并引发的冲突已不是一回事儿，渗进了新的内容，更多与政治相关。这一年，重庆发生了“校场口事件”，郭沫若等人被国民党特务殴打。《新华日报》发表了《文艺界对时局的进言》，陈之佛毅然签名，于是种种麻烦接踵而来。有关方面三番五次威胁他，要他登报声明“退出”。后来，当局又在《中央日报》上发起一个反签名运动，也来找他签名，却被严词拒绝。

而教育部答应的三项条件，除搬迁得以实施，其余都迟迟得不到兑现，下拨经费还是不足，陈之佛不得不把自己卖画的收入全部贴进去。

情况既是这样，请来的丰子恺又一走了之，于是陈之佛提出辞职。但教育部却迟迟没有回应，于是第二次、第三次……陈之佛接连递了6次辞呈，仍无消息，正值痔疮大量出血，身心俱疲，他于是在家治疗，不再到校办公。这样教育部才不得不于1944年4月同意他辞去艺专校长职务。