在第三中山大学与国立浙江大学掌校的3年里，蒋梦麟有过哪些具体的作为鲜有记载，不过从他留美回国后的经历，从第三中山大学成立之初试行的大学区制，以及他后来辞去教育部长职务，正式出任北大校长等史料来分析，还是可以有个大致的推测和判断的。

蒋梦麟是蔡元培早年执教绍兴中西学堂时的学生，他曾这样回忆初见蔡先生时的情景：“一个秋月当空的晚上，在绍兴中西学堂的花厅里，嘉宾会集，杯盘交错。忽地有一位文质彬彬、身材短小、儒雅风流、韶华三十余的才子，在席间高举了酒杯，大声道：‘康有为，梁启超，变法不彻底，哼！我！……’大家一阵大笑，掌声如雨打芭蕉。”后来因为在学校中传播新思想，蔡元培与校董会起了冲突，愤而离职，和他一起走的，还有一个杜亚泉。蔡认为当时的绍兴中西学堂里有四个重要人物，即杜亚泉、马用锡、蒋炳和胡道南。

杜亚泉本是应蔡元培之聘，到绍兴中西学堂任数学教员的，离开绍兴后他去了上海，创办了亚泉学馆，这是近代中国第一家科技学校，同时还创办了中国最早的科学刊物《亚泉杂志》半月刊。杜亚泉是个坚持科学立场的学者，蔡元培说他虽专攻数理，头脑冷静，但探寻哲理、针砭社会之热忱，却也激不可遏。杜亚泉的好争辩是出了名的，和陈独秀、余云岫、李石岑、朱光潜等许多名人有过论战，也包括蒋梦麟。据说杜很爱讲话，讲起话来不仅兴致勃勃、精神十足，而且嗓音很高。他的意见多半会和别人不同，争辩起来不但大声，快要说完的时候还带着笑，用周建人的话说，“这笑透进对方心里，会使人觉得自己的判断不正确起来”。杜亚泉的性格是充满了论辩艺术的。

但是杜亚泉和蒋梦麟的论战，却并非是当面锣鼓，打的是笔墨官司，争辩的主题是何谓新思想。蒋梦麟的观点，认为新思想是一种态度，一种朝着进化方向走的态度，“抱新思想的人，既视现在的生活为不满足，现在的知识活动为不能得到充分愉快，所以把固有的生活状况与固有的知识就批评起来”。杜亚泉则反唇相讥，直言“态度非思想，思想非态度；态度呈露于外，思想活动于内；态度为心的表示，且常属于情的表示，思想为心的作用，且专属于智的作用”。他因此而嘲笑当时一些对于旧习惯不论是非善恶，都主张推翻，说这个就是新思想的人，其实都是“张冠李戴”、“卖狗插羊”、“假冒新思想的人”。在我看来，杜亚泉的嘲笑，不见得就是直接针对蒋的，然而蒋梦麟的较真和回应，倒的确是两人间的一场精彩笔仗，展示了那个时代科学争鸣的自由之美。

以在绍兴中西学堂的关系而论，杜亚泉也是做过蒋梦麟老师的，他们之间关于新思想的论争，即便拿到今天，依然也还有讨论的空间，当年孰是孰非，实难一言以蔽之。但是作为学生的蒋梦麟，敢于和老师公开笔战，却足以表明他在90年前确实是个具有新思想的人。

蒋梦麟在美国主修教育，先后就读加州大学和哥伦比亚大学，获哲学、教育学博士学位。五四运动后，蔡元培离京南下，北大校务暂由胡适主持，胡适苦于内外夹击、不堪应付，曾写信给蒋梦麟，请他劝蔡元培返京。胡适和蒋梦麟在美国哥伦比亚大学期间都师从著名哲学家、教育家杜威，私交甚好，也知道蒋梦麟作为蔡元培的学生颇得其器重。那年的7月14日，蒋梦麟偕同蔡元培游览杭州花坞，后来下起了雨，蔡留蒋共进午餐，在座的还有时任北京医学专门学校校长的汤尔和。席间蔡元培未被蒋梦麟的说项所动，但接受了汤尔和的建议，决定由蒋代表他前往北大主持学校事务。自此，蒋梦麟和北大的结缘长达20余年。

就治理大学的经验与成就而言，蒋梦麟的作为显然主要体现在北大，但是身为国立浙江大学第一任校长，他对于浙大早期历史的见证，或许更具意味。从第三中山大学到改称国立浙江大学，蒋梦麟在浙江任校长的这3年，主要是经历了“大学区制”的施行始末。按照大学区组织条例，省政府教育厅的行政职权由大学接管，以大学管教育，除高等教育事宜由校长直接管理外，再另设一个普通教育管理处，学区内公立中小学的管理，以及私立中小学教育的监督，均归属于该处。这项新制度当时仅在浙江、江苏两省试行，颇受非议，在没有取得任何成效的情况下，随后又仓促推及到北京，招致更广泛的攻击，甚至还因此引发了学潮，结果被废止，重新再恢复教育厅制。自1927年8月至1929年6月，此制前后仅两年时间，可谓“昙花一现”。

蒋梦麟对施行大学区制的态度，我以为是赞同的。此前他已在北大代蔡元培行使过校长职权，从杭州北上之初很是低调，在教职员会议上甚至说，我只是蔡先生派来按印子的，一切仍由各位主持。所以蒋梦麟的办学主张，与蔡元培可以说是一致的；筹备第三中山大学的那次聚会，蔡元培、李石曾、蒋梦麟等也都在场，其时蔡和李已经是中央教育行政委员会的常委，况且也正好是那天，国民政府公布了《中华民国大学院组织法》，蔡元培不久即被推举为大学院院长，大学院和大学区制同为教育新措，会上没有人对此表示出异议。

事实上聚在蔡元培周围的这群人，对大学区制的提出都不会陌生。蔡元培是主张教育独立的，早些年就发表过《教育独立议》的文章，他所设计的蓝图，也正是“分全国为若干大学区，每区设立一大学；凡中等以上各种专门学校，都可以设在大学里面。一区以内的中小学教育，于学校以外的社会教育，都由大学校长办理。大学的事务，由大学教授所组织的教育委员会主持。大学校长，也由委员会选出”。蔡的这个想法不是凭空想象，他自己说是“仿法国制度，以大学区为教育行政之单位”。以此推断，蒋梦麟出任第三中山大学校长后，也会是按照大学区组织条例来办学的，毕竟其时只定了浙江和江苏的第三、第四两所中山大学来试行。现在看来，对于当初的教育制度，应该说这也是一种革新之举，虽然施行的结局是无果而终。

蒋梦麟在第三中山大学改称国立浙江大学后没几个月，就去国民政府担任教育部长了，校长的名分虽然还挂着，具体事务已由副校长兼文理学院院长邵裴子代理。他是国民政府的第一任教育部长，也是真正意义上的教育部长。按照蔡元培的观点，教育部应是“专办理高等教育会议所议决事务之有关中央政府者，及其他全国教育统计与报告等事，不得干涉大学区事务”，也就是说，教育部只是个办事机构，在这个办事机构里做一个“长”，与大学校长的那个“长”不可同日而语。但蒋梦麟是在大学校长的位置上来做教育部长的，两者间就有了一种结合的可能。大学区制取消后，他去了北大，依旧回归大学校长的位置。