中共九大的召开，邓小平是从报纸上的新闻报道中知道的。虽然邓小平被确定为“党内第二号最大的走资本主义道路的当权派”，被撤销了党内外一切职务，但没有开除党籍。以一个大政治家多年的政治经验，邓小平深知这一处理的重要性，也深知其中必有毛泽东的考虑。只要没有开除党籍，就留有余地，就存在着今后恢复工作，为人民服务的可能性。中共九大闭幕以后不久，1969年5月3日，邓小平给汪东兴写了一封信，请汪东兴转报毛泽东主席和党中央。在信中，他询问，“九大”开过后，不知是否已到处理他的问题的时候，并表示完全静候党的决定。他向毛泽东表示，将无保留地接受党对他作出的政治结论和组织处理……信中最后提出，想同汪东兴见一面，谈谈他的感受。邓小平的这封信被送到了毛泽东的手中。毛泽东看了以后，批转给林彪及在京的中共中央政治局委员传阅。邓小平的表态，一定在毛泽东心中留下了印象。一是说明邓小平是愿意作自我批评的。毛泽东认为这一点很重要，他在以后的讲话中还曾提到此点。二是证明毛泽东决定不开除邓小平的党籍是正确的。而恰恰是这一决定，为以后邓小平的复出留下一个极其重要的政治伏笔。可能是毛泽东对邓小平的态度所起的作用，中共九大以后，邓小平的处境有所改善，子女们每周也可以回中南海看望邓小平夫妇了。就在这时，邓小平才知道自己的大儿子邓朴方因在“文化大革命”中受到严重迫害而致残一事。邓小平给毛泽东写了一封信，提出请组织上帮助安排，以便使邓朴方得到进一步的治疗。毛泽东和周恩来对此信作了批示。中央办公厅主任汪东兴与中国人民解放军三○一医院进行了联系。三○一医院隶属解放军总后勤部，总后勤部部长是林彪的干将邱会作。在林彪当权的情况下，三○一医院不愿意接收“有问题”的人。何况这一次要送的是“第二号走资派”的儿子，院方当然更不愿意接收了。直到汪东兴把毛泽东和周恩来的批示拿给三○一医院的负责人看了以后，他们才同意把邓朴方送进三○一医院。

中共九大以后，林彪反革命集团自以为已经掌握了党和军队的许多重要权力，篡夺党和国家最高权力的条件已经成熟。因此，他们便在暗中进一步加紧了“抢班夺权”的步伐。

1969年10月，空军司令员吴法宪擅自任命林彪的儿子林立果为空军司令部办公室副主任兼作战部副部长。1970年8月，吴法宪背着中共中央、背着中央军委，私自提出“空军的一切都要向林立果同志汇报，都可以由立果同志调动、指挥”。以后吴法宪又向当时的空军政治委员说：“林立果可以指挥空军的一切，调动空军的一切。”当时的空军司令部、政治部、后勤部，都制定了贯彻落实这个“两个一切”的措施。就这样，吴法宪私自把空军的指挥大权交给了林立果，为林立果在空军进行反革命活动创造了条件。林立果利用自己的特殊身份和窃取的权力，在空军组成了一支反革命的“联合舰队”。

中共九大以后，从1969年下半年起，按照林彪、江青等人的旨意，“邓小平专案组”抓紧了对所谓邓小平“现行问题”的调查。在秦城监狱，“专案组”提审了原中共中央政治局委员、中央书记处书记、中共北京市委第一书记彭真，原中共中央西北局第一书记刘澜涛，原中共中央组织部副部长李楚离等；在小汤山监狱，“专案组”提审了原中共中央组织部部长安子文等；在京郊一个部队营区，提审了原中共中央办公厅主任杨尚昆；在总政治部西单一个小看守所，提审了原中国人民解放军总政治部主任肖华；在北京卫戍区监护办公室，提审了原中共中央监察委员会副书记王从吾；在交通干校，提审了原中共中央监察委员会副书记、国家监察部部长钱瑛。此外，还分别提审了潘汉年、刘晓、廖志高等，但均一无所获。