粟裕立即予以部署，12月13日，他致电华东局、华东军区并报中央军委，决定令鲁中南军区司令员傅秋涛集中全力限期赶修临城至滕县段铁路，以便于必要时调兵至济南，堵击可能南逃的傅作义部队，同时建议：“将何基沣、张克侠部即调至济南附近待机，必要时并可从胶东抽一部分兵力前往济南”。

在淮海战场上，粟裕决定利用这个时间组织部队休整，并乘机对敌人展开政治攻势。为保证战场休整顺利进行，防止敌乘机突围，粟裕调整了部署，以第1、2、4、8、9、10、11、渤海纵队为一线部队，一面对国民党军进行围困，一面组织战场休整。第3、6、7、12、13、两广纵队、鲁中南纵队和35军、豫皖苏军区独立旅、冀鲁豫军区基干团以及华东野战军直属之骑兵团、总部警卫团为二线部队，分别位于铁佛寺、宿县、萧县、薛家湖、马村桥、会亭集、永城、山城集、酂阳集、夏邑等地区休整。12月17日，粟裕与来到华东野战军司令部参加总前委会议的陈毅、谭震林一起署名致电中央军委：“我们遵令休整十天，消除疲劳，溶化俘虏，研究战术，整理组织，开展对敌政治攻势，作为十天中心工作”。后来，粟裕又根据中央军委指示，命令所部再延长休整了10天。

根据粟裕代司令员兼代政委的要求，华东野战军司令部和政治部立即做出部队休整计划，发出对国民党军展开政治攻势的指示，并立即开始实施。

首先，华东野战军经连日激战，人员伤亡较大，特别是营、连级干部伤亡很大，缺额达5000以上。为解决这一问题，粟裕指示对各级机关进行了精简，从各级机关抽调出1000余参谋、干事等到战斗部队任职；将各教导团的干部全部补入部队；从老战士和经过考验的解放战士中提拔了一批基层干部；并且从鲁中南抽调600余名、胶东抽调500余名、渤海抽调400余名共1500多名干部充实野战部队，基本解决了干部缺额的问题。同时，在战役第一、二阶段共俘虏国民党军10万余人，绝大部分按照“随俘随补，随补随战”的原则立即补入部队。有些在1948年11月攻打黄百韬兵团时俘虏的士兵，到了12月围歼杜聿明集团时已当了排长甚至连长，这种情形在世界战争史上也是罕见的。经过休整，华东野战军部队兵员充实，装备改善，战术提高，士气上升，更加壮大。淮海战役开始时，华东野战军总人数为36.1万人，战役过程中伤亡10.5万人，战役结束时增长到55.1万人。增长部分，除了补充几个地方团以外，主要是补进“解放战士”。

其次，华东野战军各部队深入开展形势、任务、纪律教育，还广泛进行了火线评功、立功活动，积极发展优秀分子入党。这些活动大大激励了战士们团结互助、不怕牺牲等精神。同时针对国民党军防御特点，开展军事民主，集思广益，深入研究战术技术，并且不畏天寒地冻，掀起阵前练兵热潮。第一线部队积极开展近迫作业，构筑的交通壕距敌前沿仅三五十米，大大限制了国民党军活动，也为日后的总攻准备好了出发阵地。

再次，体恤所属官兵，慰劳参战部队。12月16日，粟裕致电中央军委，报告部队因连日作战，而且经常吃不到油盐，非常疲劳，提议慰劳参战部队，平均每人香烟五包，猪肉半斤，举行会餐，恢复体力。周恩来于次日代表中央军委回电，批准了这一要求，并电示中共华东局、中原局：淮海战役已进行月余，前线将士浴血奋战，辛劳备至。兹决定凡参战部队前线人员，一律慰劳每人猪肉一斤，香烟五包，不吸烟者以其他等价物品代替。1948年12月31日，华东野战军司令部、政治部向前线指战员发出新年慰问。各级政治部门纷纷组织部队文艺工作者到前线进行慰问演出，进一步激发指战员的斗志。

最后，也是休整中最重要的工作，就是开展群众性的对敌政治攻心，华东野战军部队采取了许多行之有效的攻心战法。华东野战军政治部副主任钟期光后来回忆说：“空前胜利的淮海战役，对政工领导的考验与政工干部的锻炼也是空前的。粟裕同志既是代司令又是代政委，军政工作都重视，既全面规划，又具体指导，充分发挥军政机关的助手作用。贯彻‘军事指挥与政治工作指导相结合’、‘政治工作在前线’的方针，在下达军事命令的同时，都要提出对政治工作的要求。师以上设立了精干的政治工作指挥所，随作战指挥所一起行动。这对组织政工干部深入前线，直接了解战场情况，加强上下联系，及时指导工作，具体帮助连队解决实际问题，随时总结推广作战经验等发挥了重要作用。”在广播毛泽东起草的《敦促杜聿明等投降书》的同时，粟裕还多次亲自主持起草致杜、邱、李的劝降信，这些文笔畅快、入情入理的劝降信以陈毅、粟裕的名义发给了国民党徐州“剿总”副司令杜聿明。（而此时本来继续在中原野战军履职的陈毅早已与刘伯承一起去了中共中央汇报）其中1949年1月1日的信中说：