1927年3月22日，上海工人第三次武装起义成功；3月24日，北伐军攻克南京，消息传至广州，民众欢欣鼓舞。然而在欢庆胜利的锣鼓声中，敏感的鲁迅却有着几许隐忧盘绕在心头。于是，在4月10日写下了《庆祝沪宁克复的那一边》一文，重申痛打“落水狗”的精神。就在第三天，4月12日，国民党右派突然在上海发动政变，收缴工人纠察队枪支，屠杀共产党人；4月15日，军阀在广东杀害共产党嫌疑者2100多人。中山大学也遭到了军警的搜捕。后来鲁迅沉痛地写道：“我一向是相信进化论的，总以为将来必胜于过去，青年必胜于老年，对于青年，我敬重之不暇，往往给我十刀，我只还他一箭。然而后来我明白我倒是错了。这并非唯物史观的理论或革命文艺的作品蛊惑我的，我在广东，就目睹了同是青年，而分成两大阵营，或者投书告密，或者助官捕人的事实！我的思路因此轰毁，后来便时常用了怀疑的眼光去看青年，不再无条件的敬畏了。”《鲁迅全集》第四卷，人民文学出版社1981年版，第5页。

1927年4月15日，广州狂风大作，暴雨倾盆。得知中山大学有青年学生被军警抓捕，鲁迅顶风冒雨，从白云路白云楼居所赶到中山大学会议室，紧急召集各科系主任开会，商议设法营救学生的事宜。据参加此次会议的著名学者何思源回忆道：“鲁迅坐在主席座位上，朱家骅坐在鲁迅的正对面。鲁迅说：‘学生被抓走了，学校有责任，委员长（指校务委员会委员长）不出来，现在我来召开会，请大家来说话，我们应当像学生的家长，要对学生负责，希望学校出来担保他们。我们也要知道为什么抓走他们？有什么罪？被抓的不是一个两个，而是几十人！’这时，朱家骅说：‘关于学生被捕，这是政府的事，我们不要对立。’鲁迅对朱家骅说：‘学生被抓走了，是公开的事实，被捕的学生究竟违背了孙中山总理的三大政策的哪一条？’朱家骅说：‘我们要听政治分会的，党有党纪，我们要服从。’鲁迅继续驳斥：‘五四运动时，学生被抓走，我们营救学生，甚至不惜发动全国工商界都罢工罢市。当时朱家骅、傅斯年、何思源都参加过，我们都是五四运动时候的人，为什么现在成千成百个学生被抓走，我们又不营救了呢？’朱家骅说：‘那时候反对北洋军阀。’鲁迅说：‘现在根据三大政策活动，就是要防止新的专制统治。’鲁迅和朱家骅的对立已经到了最尖锐的地步。鲁迅坚持说：‘这么多学生被抓去，这是一件大事，学校应该负责，我们应该对学生负责。’在那样的情况下，公开支持鲁迅的人不多，会议没收到预期的效果。”（参见《鲁迅文献图传》）回到白云楼住所，鲁迅沉默无言，茶饭不思；此后的几天里，鲁迅虽然也捐款慰问被捕的学生，但学生不断被捕以及惨遭杀害的坏消息接连传来，而且知识界以及青年学生中居然有不少人却站在屠杀者一边，身为教务主任的鲁迅却无法营救自己的学生，便以辞职抗议。4月21日，他毅然辞去中山大学一切职务；虽然中山大学派人数次登门挽留，朱家骅也四次“来访”相劝，校方还在校刊上发表《挽留周树人教授》的公告，但均遭到鲁迅的坚决拒绝。