蔡元培与周氏兄弟有同乡之谊，当年鲁迅进教育部，周作人任职北大，均系蔡氏延揽。在北大期间，蔡与周氏兄弟时相过从，为影印乡贤李慈铭《越缦堂日记》，蔡曾委托周作人代管具体事宜。在校政方面，蔡一向比较依重欧美派学者，周氏相对显得冷落。1926年暮春，周作人致函归国后，滞留南方的蔡校长劝其北上履职，函称：“作人在北大将及十年，除教课外，于教务素不过问。今因先生不来北京，与北大前途关系至大，偶有所见，不敢缄默，敬以奉陈。”那时，周对蔡还满怀热望。然而出于政治上的考虑，蔡不得不“弃职”北大，以至连胡适对此也大为不满，周的失望也就可想而知。

更令周作人难以容忍的是，此后蔡元培反对阶级斗争的言论和参与“清党”的举动，使得此时已经激愤起来的周作人，遂公开撰文抨击，指出“南方之事全败坏于清党”，蔡、吴（稚晖）等元老难辞其咎。尤其令周氏颇感刺激的是，蔡在国民党中央会议上列名提出停止青年运动议案，周后来慨叹：“观蔡公近数年言行，深感到所谓晚节之不易保守。”不妨说，周作人对北大光荣传统的不予认同，某种程度上是对蔡元培等深感失望之后的一种逆反。因此，大学区风潮当中，周与北大学生几乎反其道而行之，自称“反蔡而不拥李”。不拥李略嫌空洞，反蔡倒有几分真实。

正当北大学生护校高潮趋向平息，有关各方协商“善后”之际，胡适于1929年1月忽有北平之行。此行本为参加协和医学院董事会议，且属于公开活动，但周作人却疑其与北大校事有关：“闻胡博士秘密来平，不知何作”，“目下情形似陈公辞后，以博士继任也”。即揣测胡适接替陈大齐出长为保持北大独立性而特设的“北大学院”。胡适南返后，周作人仍疑虑重重，认为“别一方面也可以派自己的人来接任，如胡博士” 。

不难看出，周氏的警觉始终未曾放松。鲁迅对北平大学区风潮也曾有所议论，他在致章廷谦、李霁野的函中称：“闻北京各校，非常纷纭，什么敢死队之类，亦均具备，真是无话可说也。”“我看北京学界，似乎已经和现代评论派联合一气了。”这分明是说，北大等校拒李风潮与现代评论派难脱干系。周作人对此说法的反应是“疑信参半”，他承认，北大此次风潮“原因颇复杂，吾辈虽站在旁边，有时亦莫测高深”。周作人与胡适关系的“解冻”，是后来胡因“人权问题”与国民党大起冲突之时，周主动去函，劝胡北返，双方自此重修旧好。

北京大学恢复，“归队”任国文教授

1929年上半年，继北大学生“武力示威”之后，北平大学区风潮的余波又有北师大学生的第二次冲击，加之女子学院问题、教员索薪活动，使北平大学区实际主政的李书华焦头烂额，最后只得一走了之。周作人斥其“顽钝”，对北平大学现状明显表示不满。此时他不仅“归队”仍做国文系教授，还曾一度代理系主任之职，然其消极低调则日甚一日。他不时抱怨：“北大开学才一个月，而经费似就有问题”，“北平一切如故，北平大学无钱亦如故”，“近来颇想购书而不敢花钱，想作文而又不能静心，每日马马虎虎过日子而已”。

经济上如此，精神上亦复“消沉”，比较《语丝》时期的尽性发抒，已然不得不强自内敛。其自述：年来经验日多，世故渐深，对时事绝不妄评，惟旁观而已，“可惜因此亦缺少执笔之兴，即别的文章也不大作”。国民党“革命”政权向北方的扩展，起初曾造成传统知识界的内心紧张。略微夸张一点说，周作人1929年的“几乎全不把笔”，似乎蕴涵着时代即将转换的某种预感，他的所谓“民国十八年的新觉悟”一说恰恰与其写作状态低落相互对应，且透露出内心隐忧：“我觉得现在世界上是反动时代的起头，低文化的各国多趋于专制，中国恐亦难免，且封建思想更深且重，所以社会现象亦更不佳。既无反抗之志与力，我想且稍取隐逸态度为宜。”所谓隐逸态度，大概就是“闭户读书”之类了。

同年6月间，北平大学区被宣布撤销，北京大学终于恢复。可是就在此后不久，周作人突然向江绍原表示：“近来很想不做教员，只苦于无官可做，不然的确想改行也。”此语的虚实尚待考究，不过社会政治变动时期，北方高等学府中颇不乏“弃学从政”的升迁之士，一向恬静闲适的周作人其内心偶尔也不免躁动不安。